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- PDB-1w33: BbCRASP-1 from Borrelia Burgdorferi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w33
タイトルBbCRASP-1 from Borrelia Burgdorferi
要素BBCRASP-1
キーワードCOMPLEMENT REGULATOR / COMPLEMENT REGULATOR ACQUIRING SURFACE PROTEIN / LYME BORRELIOSIS / FACTOR H BINDING / TICK / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性Bbcrasp-1 / Bbcrasp-1 / Borrelia lipoprotein paralogus family 54/60 / Borrelia Bbcrasp-1 domain containing protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Complement regulator-acquiring surface protein 1 (CRASP-1) / Complement regulator-acquiring surface protein 1 (CRASP-1)
機能・相同性情報
生物種BORRELIA BURGDORFERI (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Cordes, F.S. / Roversi, P. / Goodstadt, L. / Ponting, C. / Kraiczy, P. / Skerka, C. / Kirschfink, M. / Simon, M.M. / Brade, V. / Zipfel, P. ...Cordes, F.S. / Roversi, P. / Goodstadt, L. / Ponting, C. / Kraiczy, P. / Skerka, C. / Kirschfink, M. / Simon, M.M. / Brade, V. / Zipfel, P. / Wallich, R. / Lea, S.M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: A Novel Fold for the Factor H-Binding Protein Bbcrasp-1 of Borrelia Burgdorferi
著者: Cordes, F.S. / Roversi, P. / Kraiczy, P. / Simon, M.M. / Brade, V. / Jahraus, O. / Wallis, R. / Skerka, C. / Zipfel, P. / Wallich, R. / Lea, S.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallisation and Preliminary Crystallographic Analysis of Bbcrasp-1, a Complement Regulator-Acquiring Surface Protein of Borrelia Burgdorferi
著者: Cordes, F.S. / Kraiczy, P. / Roversi, P. / Kraiczy, P. / Skerka, C. / Kirschfink, M. / Simon, M.M. / Brade, V. / Lowe, E. / Zipfel, P. / Wallich, R. / Lea, S.M.
履歴
登録2004年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / reflns_shell
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BBCRASP-1
B: BBCRASP-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1414
ポリマ－42,9572
非ポリマー1842
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)89.803, 89.803, 145.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.91122, 0.40814, 0.05571), (0.40496, -0.91234, 0.06031), (0.07544, -0.03239, -0.99662)-36.094, 145.8708, 163.1118
2given(0.91321, 0.40292, 0.0608), (0.39949, -0.91469, 0.06129), (0.08031, -0.03168, -0.99627)-36.1312, 146.0028, 163.0098
3given(0.90887, 0.4134, 0.05521), (0.41, -0.90987, 0.06347), (0.07647, -0.03505, -0.99646)-36.5589, 145.2762, 163.3388
4given(0.91934, 0.39051, 0.04811), (0.38782, -0.91999, 0.05663), (0.06638, -0.0334, -0.99724)-33.3659, 147.1354, 163.2
5given(0.88333, 0.45971, 0.09159), (0.46115, -0.8873, 0.00598), (0.08402, 0.03696, -0.99578)-43.3688, 148.6451, 157.2775

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要素

#1: タンパク質 BBCRASP-1


分子量: 21478.592 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 70-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FACTOR H BINDING DIMER
由来: (組換発現) BORRELIA BURGDORFERI (バクテリア)
株: ZS7 / 解説: TICK ISOLATE GERMANY / Variant: TICK ISOLATE / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q7AUV9, UniProt: O50957*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 1-25 AND 251 WERE LACKING FROM THE CONSTRUCT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
解説: 4 SE SITES FOUND IN HYSS USING PK WAVELENGTH ANOMALOUS PATTERSON
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 25% PEG 600 200 MM IMIDAZOLE PH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.934, 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9341
20.9791
反射解像度: 2.7→40.2 Å / Num. obs: 15999 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 5.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.257 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
HYSS位相決定
SHARP位相決定
TNT5.6.1精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.7→19.88 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL.DAT / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT CSDX_PROTGEO.DAT
詳細: REFINED IN BUSTER-TNT 1.0.2 THE FIRST 44 RESIDUES (26-69) ARE DISORDERED IN THIS CRYSTAL
Rfactor反射数
all0.226 15962
obs-15962
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 84 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2997 0 12 41 3050
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01130502
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.95840743
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d20.618990
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0051155
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0184025
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.96305020
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.076755
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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