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- PDB-1w2z: PSAO and Xenon -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w2z
タイトルPSAO and Xenon
要素AMINE OXIDASE, COPPER CONTAINING
キーワードOXIDOREDUCTASE / GLYCOPROTEIN / MANGANESE / METAL-BINDING OXIDASE / PEA SEEDLING / TPQ OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE / OXIDASE / QUINONE / XENON
機能・相同性
機能・相同性情報


diamine oxidase activity / primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Copper amine oxidase, N3-terminal / Copper amine oxidase, N2-terminal / Copper amine oxidase, N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain ...Copper amine oxidase, N3-terminal / Copper amine oxidase, N2-terminal / Copper amine oxidase, N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Distorted Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / IODIDE ION / : / XENON / Primary amine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種PISUM SATIVUM (エンドウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Duff, A.P. / Trambaiolo, D.M. / Cohen, A.E. / Ellis, P.J. / Juda, G.A. / Shepard, E.M. / Langley, D.B. / Dooley, D.M. / Freeman, H.C. / Guss, J.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Using Xenon as a Probe for Dioxygen-Binding Sites in Copper Amine Oxidases.
著者: Duff, A.P. / Trambaiolo, D.M. / Cohen, A.E. / Ellis, P.J. / Juda, G.A. / Shepard, E.M. / Langley, D.B. / Dooley, D.M. / Freeman, H.C. / Guss, J.M.
履歴
登録2004年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年3月14日Group: Other
改定 1.32019年3月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMINE OXIDASE, COPPER CONTAINING
B: AMINE OXIDASE, COPPER CONTAINING
C: AMINE OXIDASE, COPPER CONTAINING
D: AMINE OXIDASE, COPPER CONTAINING
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,827204
ポリマ－295,1984
非ポリマー25,629200
水10,539585
1
A: AMINE OXIDASE, COPPER CONTAINING
B: AMINE OXIDASE, COPPER CONTAINING
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,175108
ポリマ－147,5992
非ポリマー13,576106
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19300 Å2
ΔGint-62.9 kcal/mol
Surface area53390 Å2
手法PQS
2
C: AMINE OXIDASE, COPPER CONTAINING
D: AMINE OXIDASE, COPPER CONTAINING
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,65296
ポリマ－147,5992
非ポリマー12,05394
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19010 Å2
ΔGint-53.1 kcal/mol
Surface area53990 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)89.507, 196.268, 89.665
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22C
13B
23D

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALSERSERAA6 - 326 - 32
211VALVALSERSERBB6 - 326 - 32
311VALVALSERSERCC6 - 326 - 32
411VALVALSERSERDD6 - 326 - 32
121ASNASNLYSLYSAA34 - 4834 - 48
221ASNASNLYSLYSBB34 - 4834 - 48
321ASNASNLYSLYSCC34 - 4834 - 48
421ASNASNLYSLYSDD34 - 4834 - 48
131HISHISILEILEAA50 - 8650 - 86
231HISHISILEILEBB50 - 8650 - 86
331HISHISILEILECC50 - 8650 - 86
431HISHISILEILEDD50 - 8650 - 86
141SERSERGLYGLYAA88 - 14688 - 146
241SERSERGLYGLYBB88 - 14688 - 146
341SERSERGLYGLYCC88 - 14688 - 146
441SERSERGLYGLYDD88 - 14688 - 146
151LYSLYSGLUGLUAA149 - 201149 - 201
251LYSLYSGLUGLUBB149 - 201149 - 201
351LYSLYSGLUGLUCC149 - 201149 - 201
451LYSLYSGLUGLUDD149 - 201149 - 201
161THRTHRPHEPHEAA203 - 231203 - 231
261THRTHRPHEPHEBB203 - 231203 - 231
361THRTHRPHEPHECC203 - 231203 - 231
461THRTHRPHEPHEDD203 - 231203 - 231
171ILEILETHRTHRAA233 - 468233 - 468
271ILEILETHRTHRBB233 - 468233 - 468
371ILEILETHRTHRCC233 - 468233 - 468
471ILEILETHRTHRDD233 - 468233 - 468
181ARGARGILEILEAA470 - 471470 - 471
281ARGARGILEILEBB470 - 471470 - 471
381ARGARGILEILECC470 - 471470 - 471
481ARGARGILEILEDD470 - 471470 - 471
191SERSERTHRTHRAA475 - 536475 - 536
291SERSERTHRTHRBB475 - 536475 - 536
391SERSERTHRTHRCC475 - 536475 - 536
491SERSERTHRTHRDD475 - 536475 - 536
1101ASPASPSERSERAA538 - 572538 - 572
2101ASPASPSERSERBB538 - 572538 - 572
3101ASPASPSERSERCC538 - 572538 - 572
4101ASPASPSERSERDD538 - 572538 - 572
1111GLYGLYPROPROAA574 - 639574 - 639
2111GLYGLYPROPROBB574 - 639574 - 639
3111GLYGLYPROPROCC574 - 639574 - 639
4111GLYGLYPROPRODD574 - 639574 - 639
112ARGARGCYSCYSAA640 - 647640 - 647
212ARGARGCYSCYSCC640 - 647640 - 647
113ARGARGCYSCYSBB640 - 647640 - 647
213ARGARGCYSCYSDD640 - 647640 - 647

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.2967, -0.004839, 0.95496), (0.007946, -0.99997, -0.002597), (0.95494, 0.006817, 0.29673)
ベクター: -44.54, 48.918, -32.891)

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABCD

#1: タンパク質
AMINE OXIDASE, COPPER CONTAINING


分子量: 73799.523 Da / 分子数: 4 / 断片: HOLOENZYME PLUS XENON, RESIDUES 26-674 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SEEDLING / 由来: (天然) PISUM SATIVUM (エンドウ) / 参照: UniProt: Q43077, EC: 1.4.3.6
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 777分子

#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#6: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細BINDS 1 COPPER ION, 1 MANGANESE ION AND 1 TOPAQUINONE PER SUBUNIT.
配列の詳細DATABASE IS SWISS-PROT. THERE IS A 25 AMINO ACID PRECURSOR SEQUENCE

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 293K. RESERVOIR WAS 20% PEG 3350, 0.28M KI. DROPS WERE 2 MICROL OF PSAO AT 21.58MG/ML IN 0.1M KPO4 PH 7.2, PLUS 1 MICROL OF 0.1M KPO4 PH 7.5, PLUS 1 MICROL OF ...詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 293K. RESERVOIR WAS 20% PEG 3350, 0.28M KI. DROPS WERE 2 MICROL OF PSAO AT 21.58MG/ML IN 0.1M KPO4 PH 7.2, PLUS 1 MICROL OF 0.1M KPO4 PH 7.5, PLUS 1 MICROL OF RESERVOIR SOLUTION. THE CRYSTAL WAS CRYOPROTECTED BY SOAKING FOR 5 MIN IN 5 MICROL OF 0.2M KI, 25% PEG 3350 AND 15% GLYCEROL UNDER 30MICROL OF PARAFFIN IN A SITTING DROP DEPRESSION. THE CRYSTAL WAS EXPOSED TO XENON GAS FOR 5 MINUTES, INITIALLY AT PRESSURE OF 100 PSI THEN INCREASING TO A FINAL PRESSURE OF 220 PSI, USING A XENON CHAMBER (HAMPTON RESEARCH). AFTER THE XENON WAS RELEASED FROM THE CHAMBER, THE CRYSTAL WAS SNAP-FROZEN IN LIQUID NITROGEN WITHIN 1-3 S.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年1月30日 / 詳細: OSMIC MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→29.82 Å / Num. obs: 141039 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.75 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KSI

1ksi


解像度: 2.24→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 5.474 / SU ML: 0.14 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THIS ENTRY CONTAINS SOME ATOMS WHICH HAVE BEEN REFINED WITH AN OCCUPANCY OF 0.00. ATOMS WITH AN OCCUPANCY OF 0.00 ARE NOT OBSERVED IN ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THIS ENTRY CONTAINS SOME ATOMS WHICH HAVE BEEN REFINED WITH AN OCCUPANCY OF 0.00. ATOMS WITH AN OCCUPANCY OF 0.00 ARE NOT OBSERVED IN ELECTRON DENSITY MAPS. OCCUPANCIES OF XENON AND IODIDE ATOMS WERE DETERMINED USING ITERATIVE REFINEMENT OF OCCUPANCY AND B-FACTORS, USING CNS VERSION 1.1 . THE FINAL REFINED COORDINATES OF THE B CONFORMATION OF TPQ A 387 ARE INCLUDED IN THE PDB FILE, BUT ON EXAMINATION WITH THE FOURFOLD NCS AVERAGED OMIT DENSITY, THE AGREEMENT IS POOR. THE FAILURE OF REFINEMENT IS ATTRIBUTED TO THE WEAK ELECTRON DENSITY AND THE FACT THAT THE TWO CONFORMATIONS OF TPQ A 387 OCCUPY THE SAME SPACE. THE INITIAL COORDINATES FOR THE B CONFORMATION, AS OBTAINED BY MODELLING IN FOUR-FOLD AVERAGED OMIT DENSITY, ARE INCLUDED AS THE C CONFORMER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 7082 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 133957 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å20 Å2-1.02 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→29.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20648 0 304 585 21537
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02121481
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0219073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3221.94529284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.806344499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.21852564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.23266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0223571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024292
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.23674
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2360.221886
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.212967
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2764
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0110.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2220.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1770.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.539212862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.698321103
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.15848619
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.97468181
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A3653tight positional0.040.05
12B3653tight positional0.030.05
13C3653tight positional0.030.05
14D3653tight positional0.040.05
21A46tight positional0.020.05
31B46tight positional0.020.05
11A5958medium positional0.220.5
12B5958medium positional0.190.5
13C5958medium positional0.190.5
14D5958medium positional0.20.5
21A71medium positional0.120.5
31B71medium positional0.280.5
11A3653tight thermal0.130.5
12B3653tight thermal0.130.5
13C3653tight thermal0.120.5
14D3653tight thermal0.130.5
21A46tight thermal0.110.5
31B46tight thermal0.060.5
11A5958medium thermal0.732
12B5958medium thermal0.712
13C5958medium thermal0.722
14D5958medium thermal0.722
21A71medium thermal0.572
31B71medium thermal0.572
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.252 545
Rwork0.192 9845
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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152.5944-4.135-8.628213.29095.798826.9504-0.4880.145-0.06020.7316-0.37180.21721.7365-0.24210.85970.1252-0.0002-0.00050.12380.00090.12416.384618.347467.6044
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18-0.49510.3338-0.47490.6305-0.00122.80050.0046-0.0627-0.13250.00260.0181-0.25220.3982-0.0308-0.02270.1366-0.0155-0.04990.12640.01150.140814.906726.523673.6502
190.31470.10650.08560.4193-0.03890.47260.00490.0244-0.0364-0.04430.0028-0.08160.01190.0706-0.00770.12050.00130.01720.11210.00930.154228.862850.886165.9971
2013.171317.8678-14.133360.4107-25.889431.321-0.50910.33960.3321-0.44310.22130.60211.4597-0.73020.28780.1246-0.0001-0.00080.12410.00010.124116.990119.241252.3609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2A103 - 204
3X-RAY DIFFRACTION3A205 - 230
4X-RAY DIFFRACTION4A231 - 638
5X-RAY DIFFRACTION5A639 - 647
6X-RAY DIFFRACTION6B6 - 102
7X-RAY DIFFRACTION7B103 - 204
8X-RAY DIFFRACTION8B205 - 230
9X-RAY DIFFRACTION9B231 - 638
10X-RAY DIFFRACTION10B639 - 647
11X-RAY DIFFRACTION11C6 - 102
12X-RAY DIFFRACTION12C103 - 204
13X-RAY DIFFRACTION13C205 - 230
14X-RAY DIFFRACTION14C231 - 638
15X-RAY DIFFRACTION15C639 - 647
16X-RAY DIFFRACTION16D6 - 102
17X-RAY DIFFRACTION17D103 - 204
18X-RAY DIFFRACTION18D205 - 230
19X-RAY DIFFRACTION19D231 - 638
20X-RAY DIFFRACTION20D639 - 647

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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