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- PDB-1w16: rat synaptotagmin 4 C2B domain in the absence of calcium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w16
タイトルrat synaptotagmin 4 C2B domain in the absence of calcium
要素SYNAPTOTAGMIN IV
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / SYNAPTOTAGMIN / ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / NEUROTRANSMITTER RELEASE / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle fusion with vesicle / secretory granule maturation / negative regulation of dense core granule exocytosis / negative regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / regulation of trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / regulation of postsynaptic dense core vesicle exocytosis / positive regulation of dense core granule exocytosis / negative regulation of retrograde trans-synaptic signaling by neuropeptide / negative regulation of vesicle fusion / negative regulation of catecholamine secretion ...vesicle fusion with vesicle / secretory granule maturation / negative regulation of dense core granule exocytosis / negative regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / regulation of trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / regulation of postsynaptic dense core vesicle exocytosis / positive regulation of dense core granule exocytosis / negative regulation of retrograde trans-synaptic signaling by neuropeptide / negative regulation of vesicle fusion / negative regulation of catecholamine secretion / regulation of vesicle fusion / microvesicle / syntaxin-3 binding / neuronal dense core vesicle membrane / dense core granule cytoskeletal transport / dense core granule / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / vesicle fusion / negative regulation of neurotransmitter secretion / exocytic vesicle / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of dendrite extension / astrocyte projection / neurotransmitter secretion / positive regulation of glutamate secretion / calcium-dependent phospholipid binding / neuron projection terminus / syntaxin binding / syntaxin-1 binding / clathrin binding / regulation of dopamine secretion / phosphatidylserine binding / neuronal dense core vesicle / regulation of endocytosis / negative regulation of protein secretion / somatodendritic compartment / SNARE binding / secretory granule membrane / memory / synaptic vesicle / vesicle / cell differentiation / neuron projection / protein heterodimerization activity / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / calcium ion binding / synapse / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Dai, H. / Shin, O.-H. / Machius, M. / Tomchick, D.R. / Sudhof, T.C. / Rizo, J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural Basis for the Evolutionary Inactivation of Ca2+ Binding to Synaptotagmin 4
著者: Dai, H. / Shin, O.-H. / Machius, M. / Tomchick, D.R. / Sudhof, T.C. / Rizo, J.
履歴
登録2004年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SYNAPTOTAGMIN IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,91410
ポリマ－16,6201
非ポリマー2949
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.061, 91.061, 122.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3001-

CL

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要素

#1: タンパク質 SYNAPTOTAGMIN IV


分子量: 16620.102 Da / 分子数: 1 / 断片: C2B DOMAIN, RESIDUES 288-425 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PGEX-KG / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P50232
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MAY BE INVOLVED IN CA(2+)-DEPENDENT EXOCYTOSIS OF SECRETORY VESICLES THROUGH CA(2+)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: THE RAT SYNAPTOTAGMIN IV C2B DOMAIN WAS CRYSTALLIZED BY THE VAPOR DIFFUSION METHOD (HANGING DROP) BY MIXING 1 MICROLITER PROTEIN (IN 20 MM MES, 150 MM NACL AND 1 MM EDTA, PH 6.32) WITH 1 ...詳細: THE RAT SYNAPTOTAGMIN IV C2B DOMAIN WAS CRYSTALLIZED BY THE VAPOR DIFFUSION METHOD (HANGING DROP) BY MIXING 1 MICROLITER PROTEIN (IN 20 MM MES, 150 MM NACL AND 1 MM EDTA, PH 6.32) WITH 1 MICROLITER RESERVOIR SOLUTION (2.5M NACL, 0.1M CACL2, 0.1M HEPES, PH 7.5) SUSPENDED OVER 500 MICROLITERS RESERVOIR SOLUTION. HEXAGONAL CRYSTALS APPEARED OVERNIGHT AND GREW TO A FINAL SIZE OF 0.1 X 0.1 X 0.2 MM WITHIN TWO DAYS. PRIOR TO DATA COLLECTION, CRYSTALS WERE TRANSFERRED INTO CRYSTALLIZATION SOLUTION CONTAINING 4.25 M NACL, 0.1 M HEPES PH 7.5 AND 5%(V/V) ETHYLENE GLYCOL AND THEN COOLED IN LIQUID PROPANE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9876
検出器タイプ: CUSTOM / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9876 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.81 Å / Num. obs: 13974 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 45.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.725 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K5W

1k5w


解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 7.453 / SU ML: 0.125 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1392 10 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.217 12558 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å20.51 Å20 Å2
2--1.02 Å20 Å2
3----1.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数992 0 9 53 1054
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0211027
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8511.9491388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4235126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.55722.95544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.58315186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.413158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.2662
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.259
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0530.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2460.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2290.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2161.5630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.24721021
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1143410
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8154.5367
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 105 -
Rwork0.32 850 -
obs--94.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7711-1.1001-5.40136.1312-3.204612.2066-0.58550.1261-0.353-0.2010.1407-0.08260.98790.02560.4448-0.024-0.0319-0.0061-0.130.0285-0.042541.26915.524946.4235
24.2746-1.7174-2.42236.4880.77247.193-0.1873-0.34150.18870.93670.33910.21760.2883-0.2718-0.15180.0177-0.00230.0296-0.12110.0764-0.06938.608513.445258.2845
31.92440.1112-0.70953.5619-3.26314.8817-0.14590.08-0.11690.04980.0735-0.020.5197-0.02440.07240.0355-0.004-0.0022-0.17870.0182-0.09343.38259.011450.8988
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A273 - 300
2X-RAY DIFFRACTION2A308 - 331
3X-RAY DIFFRACTION3A336 - 409

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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