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万見
- PDB-1w01: Crystal structure of mutant enzyme Y57F/D103L of ketosteroid isom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w01
タイトルCrystal structure of mutant enzyme Y57F/D103L of ketosteroid isomerase from Pseudomonas putida biotype B
要素STEROID DELTA-ISOMERASE
キーワードISOMERASE / CONESHELL / CLOSED BARREL / CURVED B-SHEET
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Ketosteroid isomerase / SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Steroid Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Jang, D.S. / Choi, K.Y.
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2004
タイトル: Structural Double-Mutant Cycle Analysis of a Hydrogen Bond Network in Ketosteroid Isomerase from Pseudomonas Putida Biotype B.
著者: Jang, D.S. / Cha, H.J. / Cha, S.S. / Hong, B.H. / Ha, N.C. / Lee, J.Y. / Oh, B.H. / Lee, H.S. / Choi, K.Y.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Contribution of the Hydrogen-Bond Network Involving a Tyrosine Triad in the Active Site to the Structure and Function of a Highly Proficient Ketosteroid Isomerase from Pseudomonas Putida Biotype B
著者: Kim, D.H. / Jang, D.S. / Nam, G.H. / Choi, G. / Kim, J.S. / Ha, N.C. / Kim, M.S. / Oh, B.H. / Choi, K.Y.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of Delta(5)-3-Ketosteroid Isomerase from Pseudomonas Testosteroni in Complex with Equilenin Settles the Correct Hydrogen Bonding Scheme for Transition State Stabilization
著者: Cho, H.S. / Ha, N.C. / Choi, G. / Kim, H.J. / Lee, D. / Oh, K.S. / Kim, K.S. / Lee, W. / Choi, K.Y. / Oh, B.H.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure and Enzyme Mechanism of Delta(5)-3-Ketosteroid Isomerase from Pseudomonas Testosteroni
著者: Cho, H.S. / Choi, G. / Choi, K.Y. / Oh, B.H.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: High-Resolution Crystal Structures of Delta(5)-3-Ketosteroid Isomerase with and without a Reaction Intermediate Analogue
著者: Kim, S.W. / Cha, S.S. / Cho, H.S. / Kim, J.S. / Ha, N.C. / Cho, M.J. / Joo, S. / Kim, K.K. / Choi, K.Y. / Oh, B.H.
履歴
登録2004年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STEROID DELTA-ISOMERASE
B: STEROID DELTA-ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0612
ポリマ－29,0612
非ポリマー00
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-15.8 kcal/mol
Surface area14400 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)36.496, 75.942, 92.312
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 STEROID DELTA-ISOMERASE / DELTA-5-3-KETOSTEROID ISOMERASE


分子量: 14530.571 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUES CHAINS A, B : TYR (57) PHE, ASP (103) LEU

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.12 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: SODIUM ACETATE, AMMONIUM ACETATE, pH 4.60

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 10553 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.227 / % possible all: 88.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→19.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 259745.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1310 10.1 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 12986 95.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.24 Å20 Å20 Å2
2--2.2 Å20 Å2
3----6.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1919 0 0 38 1957
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 222 10.4 %
Rwork0.242 1915 -
obs--96 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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