PDB-1vz5: Succinate Complex of AtsK

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vz5

タイトル

Succinate Complex of AtsK

要素

PUTATIVE ALKYLSULFATASE ATSK

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NON-HEME FE(II) ALPHAKETOGLUTARATE DEPENDENT DIOXYGENASE / ALKYLSULFATASE / JELLY ROLL / SULFATASE / SELF HYDROXYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

alkyl sulfatase / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Mueller, I. / Stueckl, A.C. / Uson, I. / Kertesz, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Succinate Complex Crystal Structures of the Alpha-Ketoglutarate-Dependent Dioxygenase Atsk: Steric Aspects of Enzyme Self-Hydroxylation
著者: Mueller, I. / Stueckl, A.C. / Wakeley, J. / Kertesz, M. / Uson, I.

履歴

登録	2004年5月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vz5.cif.gz	211 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vz5.ent.gz	169.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vz5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vz5_validation.pdf.gz	459.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vz5_full_validation.pdf.gz	470.7 KB	表示
XML形式データ	1vz5_validation.xml.gz	42.2 KB	表示
CIF形式データ	1vz5_validation.cif.gz	60.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/1vz5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/1vz5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vz4C 1oihS 1oii 1oij 1oik S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1vz4-1 3r1j-1 1oik-1 4ffa-d 1oih-d 5keu-2 3cpi-d 6d0o-d 4j5i-2 4cvy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PUTATIVE ALKYLSULFATASE ATSK

B: PUTATIVE ALKYLSULFATASE ATSK

C: PUTATIVE ALKYLSULFATASE ATSK

D: PUTATIVE ALKYLSULFATASE ATSK

ヘテロ分子

133 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.514, 145.815, 158.788
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	13 - 80
2	1	1	2	B	13 - 80
3	1	1	2	C	13 - 80
4	1	1	2	D	13 - 80
1	2	1	2	A	103 - 165
2	2	1	2	B	103 - 165
3	2	1	2	C	103 - 165
4	2	1	2	D	103 - 165
1	3	1	2	A	191 - 299
2	3	1	2	B	191 - 299
3	3	1	2	C	191 - 299
4	3	1	2	D	191 - 299

#1: タンパク質	PUTATIVE ALKYLSULFATASE ATSK 分子量: 33248.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ATSK-SUCCINATE COMPLEX / 由来: (天然) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 株: S-313 / 参照: UniProt: Q9WWU5
#2: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID 分子量: 118.088 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 % 解説: SIDE CHAINS IN ACTIVE SITE TRUNCATED FOR MOLECULAR REPLACEMENT MODEL
結晶化	pH: 7 詳細: 25 MM AMMONIUM SULFATE 175 MM SODUIM SUCCINATE PH 5.6, 15 % PEG 4000 30 % GLYCEROL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 92306 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.15→2.25 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0003	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OIH

1oih

解像度: 2.15→48.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 3.906 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	4734	5.1 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.196	87475	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7591	0	32	524	8147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.021	7789
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.963	1.919	10633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.877	5	980
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.301	22.857	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.361	15	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.41	15	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.157	0.2	1224
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	5995
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	3262
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	5186
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.229	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.109	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.096	2	5097
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.148	4	7887
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.375	4	3147
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.954	6	2746
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	932	tight positional	0.07	0.05
2	B	932	tight positional	0.07	0.05
3	C	932	tight positional	0.07	0.05
4	D	932	tight positional	0.09	0.05
1	A	818	medium positional	0.21	0.5
2	B	818	medium positional	0.27	0.5
3	C	818	medium positional	0.25	0.5
4	D	818	medium positional	0.27	0.5
1	A	932	tight thermal	0.41	0.5
2	B	932	tight thermal	0.45	0.5
3	C	932	tight thermal	0.35	0.5
4	D	932	tight thermal	0.53	0.5
1	A	818	medium thermal	1.81	2
2	B	818	medium thermal	2.06	2
3	C	818	medium thermal	1.87	2
4	D	818	medium thermal	2.29	2

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	615	-
R_work	0.223	6131	-
obs	-	-	99.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4562	-0.0599	-0.1313	0.8506	0.2118	0.0827	0.0403	-0.0384	-0.081	0.0907	-0.0071	-0.0499	-0.0166	0.0006	-0.0333	0.0518	0.0008	-0.0312	0.0085	-0.0099	0.053	56.177	121.53	30.33
2	0.3424	0.1518	0.144	0.8921	0.1382	0.0673	0.0284	0.0294	0.0753	-0.0895	-0.0078	-0.0215	0.0289	-0.0034	-0.0205	0.0394	0.0009	0.0248	0.015	-0.0108	0.054	55.317	167.663	50.323
3	0.4513	-0.1382	0.0891	0.176	0.234	1.1181	0.0509	-0.115	-0.0476	0.0269	-0.0378	0.0259	0.1272	-0.1578	-0.013	0.0669	-0.0407	0.0207	0.0696	-0.0067	0.0387	34.01	148.432	63.685
4	1.2679	-0.0089	-0.3943	0.2714	0.1393	1.1249	0.1555	0.3284	0.1115	-0.0351	-0.0696	0.0015	-0.1542	-0.2206	-0.0858	0.0718	0.0801	0.0056	0.1178	0.0288	0.0182	35.853	140.734	15.24

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 300
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	13 - 300
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	13 - 299
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	13 - 299

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