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- PDB-1vz0: Chromosome segregation protein Spo0J from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vz0
タイトルChromosome segregation protein Spo0J from Thermus thermophilus
要素Chromosome-partitioning protein Spo0J
キーワードNUCLEAR PROTEIN / CHROMOSOME SEGREGATION / DNA-BINDING / HELIX-TURN-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome segregation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, ParB domain - #30 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #2830 / ParB/Spo0J, HTH domain / HTH domain found in ParB protein / Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, ParB domain / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily ...Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, ParB domain - #30 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #2830 / ParB/Spo0J, HTH domain / HTH domain found in ParB protein / Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, ParB domain / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chromosome-partitioning protein Spo0J
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Leonard, T.A. / Butler, P.J.G. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2004
タイトル: Structural analysis of the chromosome segregation protein Spo0J from Thermus thermophilus.
著者: Leonard, T.A. / Butler, P.J. / Lowe, J.
履歴
登録2004年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.52018年6月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosome-partitioning protein Spo0J
B: Chromosome-partitioning protein Spo0J
C: Chromosome-partitioning protein Spo0J
D: Chromosome-partitioning protein Spo0J
E: Chromosome-partitioning protein Spo0J
F: Chromosome-partitioning protein Spo0J
G: Chromosome-partitioning protein Spo0J
H: Chromosome-partitioning protein Spo0J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,22723
ポリマ－204,4128
非ポリマー81515
水17,745985
1
A: Chromosome-partitioning protein Spo0J
C: Chromosome-partitioning protein Spo0J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4228
ポリマ－51,1032
非ポリマー3196
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Chromosome-partitioning protein Spo0J
G: Chromosome-partitioning protein Spo0J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2805
ポリマ－51,1032
非ポリマー1773
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
D: Chromosome-partitioning protein Spo0J
H: Chromosome-partitioning protein Spo0J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3046
ポリマ－51,1032
非ポリマー2014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
E: Chromosome-partitioning protein Spo0J
F: Chromosome-partitioning protein Spo0J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2214
ポリマ－51,1032
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)182.240, 295.150, 73.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

-
要素

#1: タンパク質
Chromosome-partitioning protein Spo0J


分子量: 25551.475 Da / 分子数: 8 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-222 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
遺伝子: spo0C, parB, TT_C1604 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q72H91
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 985 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 4.5 / 詳細: pH 4.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393, 0.9791, 0.9793
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.93931
20.97911
30.97931
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 87653 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.29→2.42 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→38.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3493551.98 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 4408 5 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.235 87419 98.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: DENSITY MODIFICATION / Bsol: 49.91 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.25 Å20 Å20 Å2
2--5.59 Å20 Å2
3----3.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11878 0 15 985 12878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSRms dev Biso : 12.3 Å2 / Rms dev position: 0.16 Å / Weight Biso : 5 / Weight position: 30
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 693 5 %
Rwork0.257 13180 -
obs--95.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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