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- PDB-1vtx: DELTA-ATRACOTOXIN-HV1 (VERSUTOXIN) FROM HADRONYCHE VERSUTA, NMR, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vtx
タイトルDELTA-ATRACOTOXIN-HV1 (VERSUTOXIN) FROM HADRONYCHE VERSUTA, NMR, 20 STRUCTURES
要素DELTA-ATRACOTOXIN-HV1
キーワードNEUROTOXIN / SODIUM CHANNEL TOXIN / CYSTEINE KNOT / VENOM
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Atracotoxin, delta / Delta Atracotoxin / Delta-atracotoxin (ACTX) family signature. / Omega-AgatoxinV - #10 / Omega-AgatoxinV / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Delta-hexatoxin-Hv1a
類似検索 - 構成要素
生物種Hadronyche versuta (クモ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING
データ登録者Fletcher, J.I. / Chapman, B.E. / King, G.F.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The structure of versutoxin (delta-atracotoxin-Hv1) provides insights into the binding of site 3 neurotoxins to the voltage-gated sodium channel.
著者: Fletcher, J.I. / Chapman, B.E. / Mackay, J.P. / Howden, M.E. / King, G.F.
#1: ジャーナル: Toxicon / 年: 1996
タイトル: Selective Alteration of Sodium Channel Gating by Australian Funnel-Web Spider Toxins
著者: Nicholson, G.M. / Little, M.J. / Tyler, M. / Narahashi, T.
#2: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1989
タイトル: Erratum. Amino Acid Sequence of Versutoxin, a Lethal Neurotoxin from the Venom of the Funnel-Web Spider Atrax Versutus
著者: Brown, M.R. / Sheumack, D.D. / Tyler, M.I. / Howden, M.E.
#3: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1988
タイトル: Amino Acid Sequence of Versutoxin, a Lethal Neurotoxin from the Venom of the Funnel-Web Spider Atrax Versutus
著者: Brown, M.R. / Sheumack, D.D. / Tyler, M.I. / Howden, M.E.
履歴
登録1997年3月13日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DELTA-ATRACOTOXIN-HV1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8631
ポリマ－4,8631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 75LOWEST ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド DELTA-ATRACOTOXIN-HV1 / VERSUTOXIN


分子量: 4862.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hadronyche versuta (クモ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P13494
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121DQFCOSY
131TOCSY
141ECOSY

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試料調製

試料状態pH: 2.6 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRX500BrukerDRX5005001
Bruker AMX600BrukerAMX6006002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
DIANA構造決定
X-PLOR構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: SEE PRIMARY REFERENCE ABOVE. OTHER PROGRAM USED DIANA VERSION 2.8 BY GUNTERT.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 75 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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