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万見
- PDB-1vtl: CO-CRYSTAL STRUCTURE OF TBP RECOGNIZING THE MINOR GROOVE OF A TAT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vtl
タイトルCO-CRYSTAL STRUCTURE OF TBP RECOGNIZING THE MINOR GROOVE OF A TATA ELEMENT
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
  • TATA BINDING PROTEIN (TBP)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated transcription initiation / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / TATA-box-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Kim, J.L. / Nikolov, D.B. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Co-Crystal Structure of TBP Recognizing the Minor Groove of a TATA Element
著者: Kim, J.L. / Nikolov, D.B. / Burley, S.K.
履歴
登録1993年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
E: TATA BINDING PROTEIN (TBP)
F: TATA BINDING PROTEIN (TBP)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9496
ポリマ－58,9496
非ポリマー00
水00
1
A: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
E: TATA BINDING PROTEIN (TBP)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4743
ポリマ－29,4743
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')
F: TATA BINDING PROTEIN (TBP)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4743
ポリマ－29,4743
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.800, 146.500, 57.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*A)-3')


分子量: 4337.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4221.751 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 TATA BINDING PROTEIN (TBP)


分子量: 20914.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
生物種: THALIANA / 参照: UniProt: P28147

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2 / 詳細: pH 6.20, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.00K
溶液の組成
ID濃度名称Crystal-ID詳細Sol-IDVolume (Å3)
12WATER1311
25DTT1614
38GLYCEROL1917
411MES112110
514KCL115113
617NH4 ACETATE118116
720WATER121219
823DTT124222
926GLYCEROL127225
1029MES130228

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11231
21231
放射光源
由来ID
回転陽極1
回転陽極2
検出器
タイプID検出器
RIGAKU RAXIS IIC1IMAGE PLATE
SIEMENS-NICOLET2AREA DETECTOR
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID相対比
11
21
反射最高解像度: 2.6 Å / Num. all: 47659 / Num. obs: 18312

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.25→6 Å / σ(F): 1.5 /
Rfactor反射数
Rwork0.202 -
obs0.202 27613
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2921 1136 0 0 4057

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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