[日本語] English
万見
- PDB-1vtd: UNUSUAL HELICAL PACKING IN CRYSTALS OF DNA BEARING A MUTATION HOT SPOT -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vtd
タイトルUNUSUAL HELICAL PACKING IN CRYSTALS OF DNA BEARING A MUTATION HOT SPOT
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
キーワードDNA / B-DNA / DOUBLE HELIX
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Timsit, Y. / Westhof, E. / Fuchs, R.P.P. / Moras, D.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: Unusual helical packing in crystals of DNA bearing a mutation hot spot.
著者: Timsit, Y. / Westhof, E. / Fuchs, R.P. / Moras, D.
#1: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 1995
タイトル: Self-fitting and self-modifying properties of the B-DNA molecule.
著者: Timsit, Y. / Moras, D.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: Base-pairing shift in the major groove of (CA)n tracts by B-DNA crystal structures.
著者: Timsit, Y. / Vilbois, E. / Moras, D.
履歴
登録1996年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / reflns
Item: _entity.src_method / _reflns.d_resolution_high / _reflns.d_resolution_low
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3282
ポリマ－7,3282
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area4650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.900, 65.900, 47.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量: 3617.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量: 3710.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.1 / 詳細: pH 6.10, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.00K
溶液の組成
ID濃度名称Crystal-ID詳細Sol-IDVolume (Å3)
12WATER1311
25CACODYLATE1614
38SPERMINE1917
411MG ACETATE112110
514WATER115213
617MPD118216

-
データ収集

回折平均測定温度: 273 K
検出器タイプ: NICOLET / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.8→10 Å / Num. obs: 1584 / Observed criterion σ(F): 1

-
解析

ソフトウェア名称: NUCLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.8→10 Å / σ(I): 3 /
Rfactor反射数
obs0.153 1101
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 486 0 0 486

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る