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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vt9 | ||||||||||||||||||
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タイトル | The structure and hydration of the A-DNA fragment D(GGGTACCC) at room temperature and low temperature | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | データ登録者 | Eisenstein, M. / Frolow, F. / Shakked, Z. / Rabinovich, D. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1990 | タイトル: The structure and hydration of the A-DNA fragment d(GGGTACCC) at room temperature and low temperature. 著者: Eisenstein, M. / Frolow, F. / Shakked, Z. / Rabinovich, D. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vt9.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vt9.ent.gz | 11.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vt9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vt9_validation.pdf.gz | 324.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1vt9_full_validation.pdf.gz | 323.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1vt9_validation.xml.gz | 1.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vt9_validation.cif.gz | 2.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/1vt9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/1vt9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2427.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K 詳細: MPD, MgCl2, spermine, sodium cacodylate, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.5 Å / Num. all: 1818 / Num. obs: 1582 / Observed criterion σ(F): 2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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