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万見
- PDB-1vs3: Crystal Structure of the tRNA Pseudouridine Synthase TruA From Th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vs3
タイトルCrystal Structure of the tRNA Pseudouridine Synthase TruA From Thermus thermophilus HB8
要素tRNA pseudouridine synthase A
キーワードISOMERASE / TruA / pseudouridine synthase / tRNA modification / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA pseudouridine38-40 synthase / tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Pseudouridine synthase I, catalytic domain, C-terminal subdomain / Pseudouridine synthase I, catalytic domain, N-terminal subdomain / Pseudouridine synthase I, TruA / Pseudouridine synthase I, TruA, C-terminal / Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain / tRNA pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA pseudouridine synthase A
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Dong, X. / Bessho, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of tRNA pseudouridine synthase TruA from Thermus thermophilus HB8.
著者: Dong, X. / Bessho, Y. / Shibata, R. / Nishimoto, M. / Shirouzu, M. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S.
履歴
登録2006年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA pseudouridine synthase A
B: tRNA pseudouridine synthase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5072
ポリマ－55,5072
非ポリマー00
水10,178565
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area22610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.530, 91.530, 163.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-331-

HOH

詳細The biological assembly is a dimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 tRNA pseudouridine synthase A / tRNA-uridine isomerase I / tRNA pseudouridylate synthase I


分子量: 27753.268 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-249 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: truA / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: Q5SHU9, tRNA pseudouridine38-40 synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl, 6% PEG2000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)波長
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A10.97924, 0.97954, 0.9700
シンクロトロンSPring-8 BL26B1211
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2005年7月12日
ADSC QUANTUM 2102CCD2005年7月30日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double flat Si (III) crystalsMADMx-ray1
2double flat Si (III) crystalsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979241
20.979541
30.971
411
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 33977 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→44.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2374361.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1692 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 33855 100 %-
all-33975 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 78.7827 Å2 / ksol: 0.34011 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.37 Å20 Å20 Å2
2--2.37 Å20 Å2
3----4.74 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→44.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3912 0 0 565 4477
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.61
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.952.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 185 4.4 %
Rwork0.264 3975 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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