PDB-1vrd: Crystal structure of Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (TM13...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vrd

タイトル

Crystal structure of Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (TM1347) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.18 A resolution

要素

inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TM1347 / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase / IMP dehydrogenase activity / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (TM1347) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.18 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vrd.cif.gz	138.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vrd.ent.gz	105 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vrd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vrd_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vrd_full_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示
XML形式データ	1vrd_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	1vrd_validation.cif.gz	35.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/1vrd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/1vrd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zfjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1eep-1 3ffs-d 1eep-2 4avf-d 1me8-1 1b3o-1 3khj-2 2bzn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 283208

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
214 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
214 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.083, 120.083, 144.079
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	THR	THR	3	A	A	1 - 85	13 - 97
2	1	MET	MET	LYS	LYS	3	B	B	1 - 83	13 - 95
3	2	ILE	ILE	HIS	HIS	6	A	A	197 - 203	209 - 215
4	2	SER	SER	HIS	HIS	6	B	B	199 - 203	211 - 215
5	3	PRO	PRO	SER	SER	3	A	A	204 - 299	216 - 311
6	3	PRO	PRO	SER	SER	3	B	B	204 - 299	216 - 311
7	4	ILE	ILE	THR	THR	6	A	A	300 - 303	312 - 315
8	4	ILE	ILE	THR	THR	6	B	B	300 - 303	312 - 315
9	5	ARG	ARG	GLU	GLU	3	A	A	304 - 369	316 - 381
10	5	ARG	ARG	GLU	GLU	3	B	B	304 - 369	316 - 381
11	6	THR	THR	LEU	LEU	6	A	A	370 - 372	382 - 384
12	6	THR	THR	LEU	LEU	6	B	B	370 - 372	382 - 384
13	7	TYR	TYR	LYS	LYS	3	A	A	373 - 379	385 - 391
14	7	TYR	TYR	LYS	LYS	3	B	B	373 - 379	385 - 391
15	8	ALA	ALA	VAL	VAL	6	A	A	380 - 415	392 - 427
16	8	ALA	ALA	VAL	VAL	6	B	B	380 - 415	392 - 427
17	9	PRO	PRO	THR	THR	3	A	A	416 - 457	428 - 469
18	9	PRO	PRO	THR	THR	3	B	B	416 - 457	428 - 469

#1: タンパク質	inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 分子量: 53546.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / 遺伝子: TM1347 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X168, IMP dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.42 %
結晶化	温度: 273 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 4 詳細: 40% MPD, 0.1M citric acid pH 4.0, final pH 4, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 273K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月21日
放射	モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→46.12 Å / Num. obs: 50043 / % possible obs: 94.49 % / 冗長度: 4.11 % / B_iso Wilson estimate: 44.79 Å² / R_sym value: 0.078 / Net I/σ(I): 14.26
反射シェル	解像度: 2.18→2.2 Å / 冗長度: 3.26 % / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / Num. unique all: 1308 / R_sym value: 0.574 / % possible all: 75.52

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1zfj

1zfj

解像度: 2.18→46.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 9.083 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. THE FOLLOWING REGIONS ARE DISORDERED: A86-196, A385-409, A458-482, B84-198, B385-409, B458-482. FRAGMENTS OF DENSITY IS PRESENT, NO MODEL WAS BUILT FOR THESE AREAS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25759	2553	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21653	-	-	-
obs	0.21863	47472	94.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.358 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→46.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4670	0	0	206	4876

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4725
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.523	1.985	6397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.935	5	632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.071	23.851	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.276	15	822
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.725	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	779
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3423
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	291
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.215	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.188	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.073	3	3242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.083	5	5053
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.057	8	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.37	11	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	3294

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1176	tight positional	0.05	0.05
1119	loose positional	0.42	5
1176	tight thermal	0.2	0.5
1119	loose thermal	2.98	10

LS精密化シェル

解像度: 2.18→2.237 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	172	5.89 %
R_work	0.234	2747	-
obs	-	-	75.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7006	-0.1791	0.1249	1.6796	-0.0034	0.4649	0.0254	0.1473	0.0013	-0.1068	-0.0009	-0.0775	-0.0522	0.0773	-0.0245	-0.0542	-0.0254	0.0048	-0.0418	-0.023	-0.142	85.6198	78.1702	3.3142
2	2.1462	0.1045	0.0553	1.1813	-0.1319	0.9058	0.0624	-0.1753	0.3356	0.0585	0.0091	0.0237	-0.2569	-0.0382	-0.0716	0.0596	-0.0035	0.0761	-0.0518	-0.0282	-0.0784	60.2588	91.1584	-46.7066

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 9 - 436 / Label seq-ID: 21 - 448

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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