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- PDB-1vqu: Crystal structure of Anthranilate phosphoribosyltransferase 2 (17... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vqu
タイトルCrystal structure of Anthranilate phosphoribosyltransferase 2 (17130499) from Nostoc sp. at 1.85 A resolution
要素Anthranilate phosphoribosyltransferase 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / 17130499 / Anthranilate phosphoribosyltransferase 2 / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


anthranilate phosphoribosyltransferase / anthranilate phosphoribosyltransferase activity / tryptophan biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Anthranilate phosphoribosyl transferase / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C / Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 2 / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl transferase family, helical bundle domain / Glycosyl transferase, family 3 / Glycosyl transferase family, a/b domain ...Anthranilate phosphoribosyl transferase / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C / Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 2 / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl transferase family, helical bundle domain / Glycosyl transferase, family 3 / Glycosyl transferase family, a/b domain / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Anthranilate phosphoribosyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Anthranilate phosphoribosyltransferase 2 (17130499) from Nostoc sp. at 1.85 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anthranilate phosphoribosyltransferase 2
B: Anthranilate phosphoribosyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8495
ポリマ－78,6392
非ポリマー2103
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area25800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.556, 47.233, 99.376
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Anthranilate phosphoribosyltransferase 2 /


分子量: 39319.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 遺伝子: trpD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8YXQ9, anthranilate phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.47 %
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
詳細: 20.025% PEG 3350, 0.2M Acetate_Na, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月19日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→99.05 Å / Num. obs: 52559 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 41.56 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 3920 / Rsym value: 0.749 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1kgz

1kgz


解像度: 1.85→99.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 7.948 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2206 2636 5 %RANDOM
Rwork0.17921 ---
obs0.18131 49894 97.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.689 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.25 Å20 Å2-0.58 Å2
2--1.45 Å20 Å2
3----2.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→99.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4806 0 14 229 5049
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224899
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024668
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5691.9826670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.854310803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1955658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.86825.439171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.84515775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.491520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02872
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21100
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1740.24581
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22931
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2510.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2570.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2570.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.42233351
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.62631370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.55655229
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6181695
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8111441
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.22420
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 162 4.47 %
Rwork0.265 3462 -
obs--99.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4767-0.2191-0.49320.43060.65514.12840.0638-0.61060.29310.11870.18160.0048-0.39290.1008-0.2454-0.05730.04710.05160.0198-0.11530.00589.69879.538119.5917
21.7060.0147-0.48690.8218-0.04642.68230.0271-0.1013-0.01770.02330.0605-0.01090.08830.061-0.0877-0.20340.0107-0.0356-0.2863-0.0289-0.080618.0252-2.1409-3.4154
31.11.004-1.26540.917-1.08899.36420.2035-0.3230.0043-0.3639-0.11060.02891.04792.9163-0.0929-0.09210.32560.09311.0628-0.1694-0.074525.4771-0.330235.7702
40.385-0.11140.37160.2946-0.421613.3420.14670.134-0.0716-0.07530.0967-0.08410.87040.7349-0.2434-0.09820.0022-0.0208-0.0266-0.0295-0.088810.4198-0.69258.0561
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA13 - 8025 - 92
22AA92 - 362104 - 374
33BB14 - 8026 - 92
44BB93 - 362105 - 374

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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