PDB-1vpv: Crystal structure of a degv lipid binding protein (tm1468) from t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vpv

タイトル

Crystal structure of a degv lipid binding protein (tm1468) from thermotoga maritima at 2.45 A resolution

要素

UPF0230 protein TM1468

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Dak1/degv-like fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of UPF0230 protein TM1468 (TM1468) from Thermotoga maritima at 2.45 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2004年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vpv.cif.gz	125.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vpv.ent.gz	97.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vpv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vpv_validation.pdf.gz	725.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vpv_full_validation.pdf.gz	739.7 KB	表示
XML形式データ	1vpv_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	1vpv_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/1vpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/1vpv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mgpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ilq-d 1mgp-d 4od5-6 3t7r-2 3t7s-3 3kkz-2 3t7s-1 4od5-3 2pxa-2 1ymt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 283326

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: UPF0230 protein TM1468

B: UPF0230 protein TM1468

ヘテロ分子

69.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UPF0230 protein TM1468

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UPF0230 protein TM1468

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.256, 103.256, 115.863
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 284 / Label seq-ID: 13 - 296

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	UPF0230 protein TM1468 分子量: 34411.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM1468 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1H9
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化	温度: 293 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 6.5 詳細: 0.1M Cacodylate pH 6.5, 0.2M Mg(oAc)2, 27.5% PEG-8000, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97958
検出器	タイプ: APS / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月3日詳細: sagitally focusing. 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97958 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.453→50 Å / Num. obs: 22755 / % possible obs: 96.36 % / 冗長度: 4.09 % / B_iso Wilson estimate: 43.04 Å² / R_sym value: 0.098 / Net I/σ(I): 13.77
反射シェル	解像度: 2.453→2.55 Å / 冗長度: 3.89 % / Mean I/σ(I) obs: 4.88 / Num. unique all: 2244 / R_sym value: 0.293 / % possible all: 97.78

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1mgp

1mgp

解像度: 2.45→47.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 13.876 / SU ML: 0.164 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.529 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. PALMITIC ACID WAS PLACED BASED ON COMPARISON OF RELATED MODELS. NO DENSITY FOR RESIDUES A177-181 AND B177-185. VERY POOR DENSITY FOR A182-186.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25188	1174	5.2 %	RANDOM
R_work	0.17987	-	-	-
obs	0.18355	21579	96.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.207 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→47.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4400	0	46	107	4553

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	4516
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.549	1.999	6093
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.845	3	10047
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.044	5	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.628	24.022	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.947	15	834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.625	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	701
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4867
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	852
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	910
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	4299
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.139	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.193	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.16	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.262	3	2864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.584	3	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.856	5	4533
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.82	8	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.135	11	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	2195

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4208 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.31	0.5
medium thermal	0.85	2

LS精密化シェル

解像度: 2.453→2.516 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	73	4.38 %
R_work	0.178	1593	-
obs	-	-	97.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8955	0.1524	-0.6987	1.072	-0.4469	1.6471	0.0114	0.0606	0.0856	-0.1794	-0.0414	-0.0512	-0.0122	0.016	0.03	-0.0302	0.0048	-0.0101	-0.1029	-0.0429	-0.0486	-30.764	-0.194	-9.355
2	1.6914	0.5656	-0.0819	1.5294	-0.1062	0.6287	0.085	-0.1447	0.0093	0.0901	-0.0639	0.138	0.0375	-0.077	-0.0211	-0.0492	-0.0207	0.0129	-0.0176	-0.0109	-0.0506	-55.18	-31.345	12.098

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 287 / Label seq-ID: 13 - 299

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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