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万見
- PDB-1vpl: Crystal structure of ABC transporter ATP-binding protein (TM0544)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vpl
タイトルCrystal structure of ABC transporter ATP-binding protein (TM0544) from Thermotoga maritima at 2.10 A resolution
要素ABC transporter, ATP-binding protein
キーワードLYASE / TM0544 / ABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter, ATP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of ABC transporter ATP-binding protein (TM0544) from Thermotoga maritima at 2.10 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter, ATP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8193
ポリマ－28,6271
非ポリマー1922
水2,450136
1
A: ABC transporter, ATP-binding protein
ヘテロ分子

A: ABC transporter, ATP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6386
ポリマ－57,2542
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)90.590, 90.590, 72.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-266-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter, ATP-binding protein


分子量: 28627.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM0544 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZ14
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.46 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 4
詳細: 0.8M (NH4)2SO4, 0.1M Citrate pH 4.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月5日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91837 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→39.23 Å / Num. obs: 20216 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 36.34 Å2 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1371 / Rsym value: 0.66 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0001精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JI0

1ji0


解像度: 2.1→39.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 9.791 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21581 1030 5.1 %RANDOM
Rwork0.17139 ---
obs0.17372 19181 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.602 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.79 Å20.89 Å20 Å2
2--1.79 Å20 Å2
3----2.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1849 0 10 136 1995
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221932
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021875
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6671.9822602
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87534356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.365239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.33823.76585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.40615384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6351518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02374
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.21987
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21196
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.240.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3050.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.69831302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5723494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.44551933
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.9638791
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.4911669
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 69 5.05 %
Rwork0.231 1297 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.0603 Å / Origin y: 34.1259 Å / Origin z: 15.2603 Å
111213212223313233
T-0.2159 Å20.0511 Å2-0.0093 Å2--0.0782 Å20.0042 Å2---0.0785 Å2
L0.6622 °2-0.2421 °2-0.6643 °2-0.631 °20.164 °2--4.7684 °2
S0.0373 Å °0.0372 Å °0.0381 Å °-0.025 Å °0.0264 Å °0.0124 Å °0.0859 Å °0.1137 Å °-0.0638 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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