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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vpi | ||||||
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タイトル | PHOSPHOLIPASE A2 INHIBITOR FROM VIPOXIN | ||||||
![]() | PHOSPHOLIPASE A2 INHIBITOR | ||||||
![]() | NEUROTOXIN / PHOSPHOLIPASE A2 INHIBITOR / RECOGNITION / MOLECULAR EVOLUTION | ||||||
機能・相同性 | ![]() calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Devedjiev, Y.D. / Popov, A.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structure at 1.76 A resolution of a polypeptide phospholipase A2 inhibitor. 著者: Devedjiev, Y. / Popov, A. / Atanasov, B. / Bartunik, H.D. #1: ![]() タイトル: Structure and Mechanism of Phospholipase A2 著者: Devedjiev, Y. / Popov, A. / Bartunik, H.-D. / Atanasov, B. #2: ![]() タイトル: Crystals of Phospholipase A2 Inhibitor. The Non-Toxic Component of Vipoxin from the Venom of Bulgarian Viper (Vipera Ammodytes) 著者: Devedjiev, Y. / Atanasov, B. / Mancheva, I. / Aleksiev, B. #3: ![]() タイトル: Solubility and Phase States of Vipoxin from the Venom of Bulgarian Viper (Vipera Ammodytes Ammodytes) 著者: Devedjiev, Y.D. / Mancheva, I.N. / Aleksiev, B.V. / Atanasov, B.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 408.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 408.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1pp2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13650.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.3 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 52% AMMONIUM SULFATE, 0.5% MPD, 100 MM TRIS, PH 8.3 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: OIIF, DUBNA, RUSSIA / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年6月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.76 Å / Num. obs: 11854 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.058 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.86 Å / % possible all: 48 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 42158 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 48 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PP2 解像度: 1.76→6 Å / σ(F): 2.5 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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