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- PDB-1vpi: PHOSPHOLIPASE A2 INHIBITOR FROM VIPOXIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vpi
タイトルPHOSPHOLIPASE A2 INHIBITOR FROM VIPOXIN
要素PHOSPHOLIPASE A2 INHIBITOR
キーワードNEUROTOXIN / PHOSPHOLIPASE A2 INHIBITOR / RECOGNITION / MOLECULAR EVOLUTION
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Acidic phospholipase A2 homolog vipoxin A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Vipera ammodytes (ヘビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Devedjiev, Y.D. / Popov, A.N.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: X-ray structure at 1.76 A resolution of a polypeptide phospholipase A2 inhibitor.
著者: Devedjiev, Y. / Popov, A. / Atanasov, B. / Bartunik, H.D.
#1: ジャーナル: Eur.Cryst.Meeting / 年: 1994
タイトル: Structure and Mechanism of Phospholipase A2
著者: Devedjiev, Y. / Popov, A. / Bartunik, H.-D. / Atanasov, B.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystals of Phospholipase A2 Inhibitor. The Non-Toxic Component of Vipoxin from the Venom of Bulgarian Viper (Vipera Ammodytes)
著者: Devedjiev, Y. / Atanasov, B. / Mancheva, I. / Aleksiev, B.
#3: ジャーナル: Dokl.Bolg.Akad.Nauk / 年: 1989
タイトル: Solubility and Phase States of Vipoxin from the Venom of Bulgarian Viper (Vipera Ammodytes Ammodytes)
著者: Devedjiev, Y.D. / Mancheva, I.N. / Aleksiev, B.V. / Atanasov, B.P.
履歴
登録1996年12月17日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52023年8月9日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE A2 INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6501
ポリマ－13,6501
非ポリマー00
水2,090116
1
A: PHOSPHOLIPASE A2 INHIBITOR

A: PHOSPHOLIPASE A2 INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3002
ポリマ－27,3002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area2870 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area10950 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.900, 68.900, 52.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-134-

HOH

21A-170-

HOH

31A-175-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE A2 INHIBITOR


分子量: 13650.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vipera ammodytes (ヘビ) / 器官: VENOM GLAND / 参照: UniProt: P04084
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 8.3
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 52% AMMONIUM SULFATE, 0.5% MPD, 100 MM TRIS, PH 8.3
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 mg/mlprotein1drop
252 %satammonium sulfate1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoir
40.5 %(v/v)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: SEALED TUBE / 波長: 1.5418
検出器タイプ: OIIF, DUBNA, RUSSIA / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年6月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.76 Å / Num. obs: 11854 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.058
反射 シェル解像度: 1.76→1.86 Å / % possible all: 48
反射
*PLUS
Num. measured all: 42158
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 48 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
LOCALデータ収集
BLANCデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
IN-HOUSESOFTWAREデータ削減
BLANCデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PP2

1pp2


解像度: 1.76→6 Å / σ(F): 2.5 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.155 --
obs0.155 9825 98 %
原子変位パラメータBiso mean: 24.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数947 0 0 116 1063
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.66
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.25
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.55
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.25
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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