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- PDB-1vpd: X-Ray Crystal Structure of Tartronate Semialdehyde Reductase [Sal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vpd
タイトルX-Ray Crystal Structure of Tartronate Semialdehyde Reductase [Salmonella Typhimurium LT2]
要素TARTRONATE SEMIALDEHYDE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / REDUCTASE / TARTRONATE / PSI / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 2-hydroxy-3-oxopropionate reductase / 2-hydroxy-3-oxopropionate reductase activity / galactarate catabolic process / glyoxylate metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
2-hydroxy-3-oxopropionate reductase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related, conserved site / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase signature. / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like, NAD-binding domain / NAD-binding of NADP-dependent 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 ...2-hydroxy-3-oxopropionate reductase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related, conserved site / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase signature. / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like, NAD-binding domain / NAD-binding of NADP-dependent 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / 2-hydroxy-3-oxopropionate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Zhou, M. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J Struct Funct Genomics / 年: 2009
タイトル: X-ray crystal structure of GarR-tartronate semialdehyde reductase from Salmonella typhimurium.
著者: Osipiuk, J. / Zhou, M. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2004年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2004年10月26日ID: 1TEA
改定 1.02004年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TARTRONATE SEMIALDEHYDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9233
ポリマ－31,7371
非ポリマー1862
水8,953497
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.275, 105.428, 155.045
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-521-

HOH

21A-542-

HOH

31A-612-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 TARTRONATE SEMIALDEHYDE REDUCTASE


分子量: 31737.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: GARR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZLV8
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97957
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月1日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→40 Å / Num. obs: 48128 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 34.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / % possible all: 44.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SOLVE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / SU B: 0.873 / SU ML: 0.028 / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.144 1979 -RANDOM
Rwork0.12 ---
obs0.121 48124 87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å20 Å20 Å2
2--0.55 Å20 Å2
3----1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2226 0 11 497 2734
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222261
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3221.9913057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84135116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2865294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02374
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2450.22438
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21303
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2680.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1350.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8971.51477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50522382
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5063784
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0294.5675
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.28722261
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.1482498
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.88422236
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 86 -
Rwork0.22 1778 -
obs--4.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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