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万見
- PDB-1vp6: M.loti ion channel cylic nucleotide binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vp6
タイトルM.loti ion channel cylic nucleotide binding domain
要素Cyclic-nucleotide binding domain of mesorhizobium loti CNG potassium channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Dimer Helical bundle beta barrel core with cyclic AMP bound
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellularly cyclic nucleotide-activated monoatomic cation channel activity / potassium channel activity / cAMP binding / protein-containing complex binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cyclic nucleotide-regulated ion channel, N-terminal / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...Cyclic nucleotide-regulated ion channel, N-terminal / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241
類似検索 - 構成要素
生物種Mesorhizobium loti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Clayton, G.M. / Silverman, W.R. / Heginbotham, L. / Morais-Cabral, J.H.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004
タイトル: Structural basis of ligand activation in a cyclic nucleotide regulated potassium channel.
著者: Clayton, G.M. / Silverman, W.R. / Heginbotham, L. / Morais-Cabral, J.H.
履歴
登録2004年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2004年10月26日ID: 1PF0
改定 1.02004年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic-nucleotide binding domain of mesorhizobium loti CNG potassium channel
C: Cyclic-nucleotide binding domain of mesorhizobium loti CNG potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,10120
ポリマ－29,1642
非ポリマー1,93718
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.324, 80.292, 50.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cyclic-nucleotide binding domain of mesorhizobium loti CNG potassium channel / CNBD


分子量: 14581.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesorhizobium loti (根粒菌) / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RP / 参照: UniProt: Q98GN8
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Na acetate, LiCl, ammonium sulphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.90590, 0.964, 0.9788, 0.9791
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月27日
放射モノクロメーター: Si(111) crystals / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.90591
20.9641
30.97881
40.97911
反射解像度: 1.7→33.89 Å / Num. all: 58881 / Num. obs: 58881 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Limit h max: 20 / Limit h min: 0 / Limit k max: 47 / Limit k min: 0 / Limit l max: 29 / Limit l min: -29 / Observed criterion F max: 659095.56 / Observed criterion F min: 5.4 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.177 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→33.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 2211 4.9 %random
Rwork0.19 ---
obs0.219 45010 92.5 %-
all-58469 --
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 39.2681 Å2 / ksol: 0.348445 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 88.55 Å2 / Biso mean: 19.46 Å2 / Biso min: 1.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.28 Å20 Å2-1.46 Å2
2--4.17 Å20 Å2
3----2.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.11 Å
Luzzati d res high-1.7
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1994 0 60 262 2316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg21.7
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.18
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.7-1.780.3012674.80.25253260.0187281559376.8
1.78-1.870.2882895.10.23353660.0177391565576.5
1.87-1.990.2372925.20.19353100.0147261560277.1
1.99-2.140.22128250.18253950.0137352567777.2
2.14-2.360.2622624.70.253380.0167278560076.9
2.36-2.70.2242614.60.19754020.0147343566377.1
2.7-3.40.23928350.20953760.0147340565977.1
3.4-33.890.1992754.90.18752840.0127285555976.3
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater_rep.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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