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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vp2 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE XANTHOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE/HAM1 PROTEIN HOMOLOG (TM0159) FROM THERMOTOGA MARITIMA AT 1.78 A RESOLUTION | ||||||
![]() | Putative Xanthosine triphosphate pyrophosphatase/HAM1 protein homolog | ||||||
![]() | HYDROLASE / PUTATIVE XANTHOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI | ||||||
機能・相同性 | ![]() XTP/dITP diphosphatase / purine nucleoside triphosphate catabolic process / ITP diphosphatase activity / XTP diphosphatase activity / dITP diphosphatase activity / nucleoside triphosphate catabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleotide binding ...XTP/dITP diphosphatase / purine nucleoside triphosphate catabolic process / ITP diphosphatase activity / XTP diphosphatase activity / dITP diphosphatase activity / nucleoside triphosphate catabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Putative Xanthosine triphosphate pyrophosphatase1/HAM1 protein homolog (TM0159) from Thermotoga maritima at 1.78 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY DATA SUPPORT THE ASSIGNMENT OF THE TETRAMER AS THE BIOLOGICALLY SIGNIFICANT STATE. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 448.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1v7rS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23834.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TM0159 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9WY06, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
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結晶化 | 温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop 詳細: 1.6M (NH4)2SO4, 0.1M NaCl, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月3日 |
放射 | モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→34.65 Å / Num. obs: 37599 / % possible obs: 83.6 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 28.82 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.83 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1359 / Rsym value: 0.502 / % possible all: 42.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1V7R 解像度: 1.78→34.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.286 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.043 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→34.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.78→1.826 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 3 - 191 / Label seq-ID: 15 - 203
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