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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vmk
タイトルCrystal structure of Purine nucleoside phosphorylase (TM1596) from Thermotoga maritima at 2.01 A resolution
要素purine nucleoside phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / TM1596 / PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase I, inosine/guanosine-specific / Purine nucleoside phosphorylase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANINE / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Purine nucleoside phosphorylase (TM1596) from Thermotoga maritima at 2.01 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: purine nucleoside phosphorylase
B: purine nucleoside phosphorylase
C: purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4967
ポリマ－92,0183
非ポリマー4784
水6,089338
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6860 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area27410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.478, 74.601, 74.591
Angle α, β, γ (deg.)117.34, 100.95, 100.71
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41A
51B
61C
71A
81B
91C
101A
111B
121C
131A
141B
151C
161A
171B
181C
191A
201B
211C
221A
231B
241C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETPHEPHE1AA1 - 1113 - 23
21METMETPHEPHE1BB1 - 1113 - 23
31METMETPHEPHE1CC1 - 1113 - 23
42ILEILEILEILE3AA1224
52ILEILEILEILE3BB1224
62ILEILEILEILE3CC1224
73SERSERGLYGLY1AA13 - 2725 - 39
83SERSERGLYGLY1BB13 - 2725 - 39
93SERSERGLYGLY1CC13 - 2725 - 39
104PHEPHEPROPRO1AA33 - 5245 - 64
114PHEPHEPROPRO1BB33 - 5245 - 64
124PHEPHEPROPRO1CC33 - 5245 - 64
135GLYGLYSERSER1AA61 - 22473 - 236
145GLYGLYSERSER1BB61 - 22473 - 236
155GLYGLYSERSER1CC61 - 22473 - 236
166CYSCYSCYSCYS3AA225237
176CYSCYSCYSCYS3BB225237
186CYSCYSCYSCYS3CC225237
197VALVALALAALA1AA226 - 230238 - 242
207VALVALALAALA1BB226 - 230238 - 242
217VALVALALAALA1CC226 - 230238 - 242
228GLYGLYPHEPHE1AA252 - 265264 - 277
238GLYGLYPHEPHE1BB252 - 265264 - 277
248GLYGLYPHEPHE1CC252 - 265264 - 277

-
要素

#1: タンパク質 purine nucleoside phosphorylase


分子量: 30672.660 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM1596 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1T2, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-GUN / GUANINE


分子量: 151.126 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 6.5
詳細: 0.2M MgCl2, 20.0% PEG-1000, 0.1M Cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97912
検出器タイプ: APS / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月20日
詳細: sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→43.34 Å / Num. obs: 54061 / % possible obs: 97.72 % / 冗長度: 3.77 % / Biso Wilson estimate: 30.41 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 12.88
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.43 % / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / Num. unique all: 5179 / Rsym value: 0.522 / % possible all: 93.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1a9o

1a9o


解像度: 2.01→43.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 10.199 / SU ML: 0.143 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THERE ARE SOME UNMODELLED DENSITIES NEAR TO C CHAIN OF 246 WHICH MAY BELONG TO THE DISORDERED LOOP 233-246. 3. THREE GUANINE BASES ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THERE ARE SOME UNMODELLED DENSITIES NEAR TO C CHAIN OF 246 WHICH MAY BELONG TO THE DISORDERED LOOP 233-246. 3. THREE GUANINE BASES WERE MODELLED ACCORDING TO THE INTERPRETATION OF THE DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23995 2755 5.1 %RANDOM
Rwork0.20391 ---
obs0.20575 51297 97.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.11 Å21.25 Å21.4 Å2
2--0.05 Å20.75 Å2
3---0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→43.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5591 0 34 338 5963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0225751
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6151.9857814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.964312659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3215728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.60223.173208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53115929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7451534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2914
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021142
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21143
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.25405
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.23129
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3330.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2480.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.06633812
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.431492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.87555978
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.20882244
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.09111836
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.22851
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A3402tight positional0.040.05
2B3402tight positional0.040.05
3C3402tight positional0.040.05
1A21loose positional0.65
2B21loose positional0.615
3C21loose positional1.215
1A3402tight thermal0.20.5
2B3402tight thermal0.20.5
3C3402tight thermal0.210.5
1A21loose thermal1.510
2B21loose thermal1.9510
3C21loose thermal2.0510
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.058 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 186 5.25 %
Rwork0.314 3357 -
obs--86.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8965-0.2155-0.0140.8579-0.03230.51620.0173-0.19140.09910.0748-0.01030.0089-0.0282-0.0247-0.007-0.0151-0.00690.03090.0071-0.0249-0.016919.077-79.7178.02
20.75920.06180.21450.4860.02930.29230.02210.0660.0595-0.07320.0175-0.0137-0.0145-0.0175-0.0396-0.02980.00950.0351-0.02950.0321-0.001618.953-69.54642.251
30.70240.1297-0.08090.6890.01840.32640.03940.0044-0.0938-0.0303-0.02030.01820.04240.0075-0.0191-0.0363-0.00020.0033-0.0584-0.01160.015118.643-105.80252.547
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 265 / Label seq-ID: 13 - 277

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB
33CC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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