PDB-1vmd: Crystal structure of Methylglyoxal synthase (TM1185) from Thermot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vmd

タイトル

Crystal structure of Methylglyoxal synthase (TM1185) from Thermotoga maritima at 2.06 A resolution

要素

Methylglyoxal synthase

キーワード

LYASE / TM1185 / METHYLGLYOXAL SYNTHASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Methylglyoxal synthase (TM1185) from Thermotoga maritima at 2.06 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2004年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vmd.cif.gz	80.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vmd.ent.gz	60.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vmd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/1vmd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/1vmd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1b93S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gvs-d 3b9w-1 4bq2-4 2wyd-d 1409 4gij-d 2ijc-2 4zbt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 283050

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Methylglyoxal synthase

B: Methylglyoxal synthase

ヘテロ分子

41.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methylglyoxal synthase

B: Methylglyoxal synthase

ヘテロ分子

A: Methylglyoxal synthase

B: Methylglyoxal synthase

ヘテロ分子

A: Methylglyoxal synthase

B: Methylglyoxal synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.243, 130.243, 130.243
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 5 - 160 / Label seq-ID: 17 - 172

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Methylglyoxal synthase / MGS 分子量: 20583.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: mgsA,TM1185 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0R7, methylglyoxal synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 5.5 詳細: 15.0% Ethanol, 0.2M Li2SO4, 0.1M Citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月7日
放射	モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→91.89 Å / Num. obs: 22616 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 44.63 Å² / R_sym value: 0.111 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique all: 1449 / R_sym value: 0.701 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	4.2)	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	(5.2.0005)	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1b93

1b93

解像度: 2.06→91.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 8.873 / SU ML: 0.122 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. TWO CHLORIDE IONS WERE MODELLED ACCORDING TO DENSITY 3. TWO SULFATES ARE MODELLED IN DUE TO ITS PRESENCE IN IN CRYSTALLIZATION ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21884	1163	5.2 %	RANDOM
R_work	0.16732	-	-	-
obs	0.16998	21411	98.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.559 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→91.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2488	0	12	142	2642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2622
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.57	1.976	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.885	3	5766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.145	5	331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.898	23.525	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.318	15	485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.375	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2888
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	535
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	472
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.115	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.229	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.165	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.293	3	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.673	3	646
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.922	5	2577
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.323	8	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.411	11	974
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1211

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
903	medium positional	0.15	0.5
1407	loose positional	0.44	5
903	medium thermal	1.07	2
1407	loose thermal	2.58	10

LS精密化シェル

解像度: 2.056→2.109 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	63	4.29 %
R_work	0.24	1407	-
obs	-	-	86.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.426	-0.4212	-0.0932	1.6386	-0.1972	1.9108	0.0911	0.2175	-0.1302	-0.1694	-0.0699	-0.0345	0.1386	0.0062	-0.0212	-0.1398	0.0706	0.0315	-0.1031	-0.0327	-0.1924	47.29	26.34	15.112
2	5.4385	3.1286	-5.5347	3.1027	-6.2485	37.0276	0.5597	-0.6703	0.0213	0.6833	-0.3753	-0.0836	-1.3019	0.6969	-0.1844	-0.0358	-0.0374	0.0054	-0.0581	-0.0494	-0.0512	56.733	37.635	37.554
3	1.9781	-0.6415	-0.1786	1.7039	0.1892	0.9188	0.0316	0.1929	0.1536	-0.2115	-0.0298	-0.1089	-0.1057	-0.016	-0.0018	-0.1263	0.0349	0.0355	-0.1375	0.0302	-0.1895	43.4659	47.143	16.8255
4	21.8138	1.9345	-13.1819	0.2072	-1.6245	13.7796	-0.7803	1.5363	-0.9774	-0.3104	0.0346	0.0583	0.7419	-1.2586	0.7457	0.091	-0.0172	-0.0414	0.0896	-0.1856	0.0308	22.505	32.367	9.839

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	5 - 140	17 - 152
2	2	A	A	141 - 160	153 - 172
3	3	B	B	5 - 140	17 - 152
4	4	B	B	141 - 160	153 - 172

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関連情報:EMDBヘッダ

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