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- PDB-1vmd: Crystal structure of Methylglyoxal synthase (TM1185) from Thermot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vmd
タイトルCrystal structure of Methylglyoxal synthase (TM1185) from Thermotoga maritima at 2.06 A resolution
要素Methylglyoxal synthase
キーワードLYASE / TM1185 / METHYLGLYOXAL SYNTHASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylglyoxal synthase / Methylglyoxal synthase, active site / Methylglyoxal synthase active site. / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Rossmann fold ...Methylglyoxal synthase / Methylglyoxal synthase, active site / Methylglyoxal synthase active site. / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methylglyoxal synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Methylglyoxal synthase (TM1185) from Thermotoga maritima at 2.06 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylglyoxal synthase
B: Methylglyoxal synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4306
ポリマ－41,1672
非ポリマー2634
水2,558142
1
A: Methylglyoxal synthase
B: Methylglyoxal synthase
ヘテロ分子

A: Methylglyoxal synthase
B: Methylglyoxal synthase
ヘテロ分子

A: Methylglyoxal synthase
B: Methylglyoxal synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,29118
ポリマ－123,5026
非ポリマー78912
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area23770 Å2
ΔGint-317 kcal/mol
Surface area33310 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)130.243, 130.243, 130.243
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 5 - 160 / Label seq-ID: 17 - 172

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Methylglyoxal synthase / MGS


分子量: 20583.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: mgsA,TM1185 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0R7, methylglyoxal synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 5.5
詳細: 15.0% Ethanol, 0.2M Li2SO4, 0.1M Citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月7日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→91.89 Å / Num. obs: 22616 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 44.63 Å2 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique all: 1449 / Rsym value: 0.701 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC(5.2.0005)精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1b93

1b93


解像度: 2.06→91.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 8.873 / SU ML: 0.122 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. TWO CHLORIDE IONS WERE MODELLED ACCORDING TO DENSITY 3. TWO SULFATES ARE MODELLED IN DUE TO ITS PRESENCE IN IN CRYSTALLIZATION ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. TWO CHLORIDE IONS WERE MODELLED ACCORDING TO DENSITY 3. TWO SULFATES ARE MODELLED IN DUE TO ITS PRESENCE IN IN CRYSTALLIZATION CONDITION, THEY COULD BE PHOSPHATE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21884 1163 5.2 %RANDOM
Rwork0.16732 ---
obs0.16998 21411 98.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.559 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→91.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2488 0 12 142 2642
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222622
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022486
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.571.9763563
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88535766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1455331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.89823.525122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.31815485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3751523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022888
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02535
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.22289
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21473
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1150.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2290.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.29331790
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6733646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.92252577
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.32381137
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.41111974
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.21211
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
903medium positional0.150.5
1407loose positional0.445
903medium thermal1.072
1407loose thermal2.5810
LS精密化 シェル解像度: 2.056→2.109 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 63 4.29 %
Rwork0.24 1407 -
obs--86.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.426-0.4212-0.09321.6386-0.19721.91080.09110.2175-0.1302-0.1694-0.0699-0.03450.13860.0062-0.0212-0.13980.07060.0315-0.1031-0.0327-0.192447.2926.3415.112
25.43853.1286-5.53473.1027-6.248537.02760.5597-0.67030.02130.6833-0.3753-0.0836-1.30190.6969-0.1844-0.0358-0.03740.0054-0.0581-0.0494-0.051256.73337.63537.554
31.9781-0.6415-0.17861.70390.18920.91880.03160.19290.1536-0.2115-0.0298-0.1089-0.1057-0.016-0.0018-0.12630.03490.0355-0.13750.0302-0.189543.465947.14316.8255
421.81381.9345-13.18190.2072-1.624513.7796-0.78031.5363-0.9774-0.31040.03460.05830.7419-1.25860.74570.091-0.0172-0.04140.0896-0.18560.030822.50532.3679.839
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA5 - 14017 - 152
22AA141 - 160153 - 172
33BB5 - 14017 - 152
44BB141 - 160153 - 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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