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- PDB-4zbt: Streptomyces bingchenggensis aldolase-dehydratase in Schiff base ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zbt
タイトルStreptomyces bingchenggensis aldolase-dehydratase in Schiff base complex with pyruvate
要素Acetoacetate decarboxylase
キーワードLYASE / aldolase / dehydratase / acetoacetate decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


Acetoacetate decarboxylase-like / Acetoacetate decarboxylase-like / Acetoacetate decarboxylase / Acetoacetate decarboxylase domain superfamily / Acetoacetate decarboxylase (ADC) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRUVIC ACID / Acetoacetate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces bingchenggensis
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Mydy, L.S. / Silvaggi, N.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1157392 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Sbi00515, a Protein of Unknown Function from Streptomyces bingchenggensis, Highlights the Functional Versatility of the Acetoacetate Decarboxylase Scaffold.
著者: Mydy, L.S. / Hoppe, R.W. / Ochsenwald, J.M. / Berndt, R.T. / Severin, G.B. / Schwabacher, A.W. / Silvaggi, N.R.
履歴
登録2015年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年5月17日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.name / _citation_author.name ..._audit_author.name / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetoacetate decarboxylase
B: Acetoacetate decarboxylase
C: Acetoacetate decarboxylase
D: Acetoacetate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,23618
ポリマ－112,6874
非ポリマー1,55014
水21,7981210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22370 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area33140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.911, 123.487, 52.932
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-654-

HOH

21C-713-

HOH

詳細Tetramer by Size exclusion chromatography

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Acetoacetate decarboxylase


分子量: 28171.729 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces bingchenggensis (strain BCW-1) (バクテリア)
株: BCW-1 / 遺伝子: SBI_00515 / プラスミド: pE-SUMOkan / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21star(DE3) / 参照: UniProt: D7C0E5

-
非ポリマー , 5種, 1224分子

#2: 化合物
ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.1
詳細: 3.4-3.7 M Potassium formate, 0.1 M bis-tris propane, pH 9.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→39.9 Å / Num. obs: 92220 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 64

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1965精密化
HKL-20002.3.10データ削減
HKL-20002.3.10データスケーリング
精密化解像度: 1.8→39.9 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2081 4631 5.02 %Random selection
Rwork0.1657 ---
obs0.1678 92220 95.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7730 0 100 1210 9040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018079
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31711034
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6922860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.86140.29013110.25825818X-RAY DIFFRACTION64
1.8614-1.9360.26954530.21168465X-RAY DIFFRACTION94
1.936-2.02410.24724940.18399059X-RAY DIFFRACTION100
2.0241-2.13080.22884720.1689087X-RAY DIFFRACTION100
2.1308-2.26430.2234540.15869043X-RAY DIFFRACTION100
2.2643-2.43910.21155020.15779109X-RAY DIFFRACTION100
2.4391-2.68450.22555100.16129153X-RAY DIFFRACTION100
2.6845-3.07280.1994960.16089169X-RAY DIFFRACTION100
3.0728-3.87090.18764600.15229212X-RAY DIFFRACTION99
3.8709-39.91890.18064790.16419474X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.42592.20291.92212.94921.25651.91140.0032-0.0695-0.1421-0.0342-0.0093-0.217-0.04710.0521-0.01640.1396-0.00310.01450.17530.01470.139-0.969929.4218-26.3213
20.2296-0.2473-0.1730.7774-0.48082.4502-0.0126-0.10180.00580.0746-0.0637-0.10330.03460.3170.08460.0982-0.0339-0.02240.16170.00420.15070.320138.46914.0737
30.4780.05060.03340.50010.13690.6065-0.0043-0.00020.0691-0.006-0.0033-0.0081-0.07640.07920.01250.1376-0.0164-0.01230.13470.00360.1297-9.222441.6847-5.9951
41.35630.50880.45052.92451.71371.42510.0178-0.07410.13370.1845-0.0386-0.19620.0148-0.0035-0.00510.15440.0073-0.01340.1890.02240.17893.813130.4287-4.4422
50.222-0.1614-0.22360.71930.17290.6588-0.008-0.06340.12130.04030.0202-0.0943-0.04350.1264-0.00850.1226-0.016-0.03140.1756-0.00270.1639-3.005241.0659-1.0417
62.45892.2141-1.84943.7294-1.04711.9899-0.02990.02380.2325-0.18630.01910.3633-0.0134-0.06390.06090.18280.0213-0.08740.1998-0.02560.2972-43.28934.166-26.4162
70.7458-0.0240.15960.82080.13671.62840.04-0.32970.2140.1296-0.07770.2478-0.0567-0.22910.02090.166-0.05160.06790.2733-0.07450.3234-45.088823.20723.336
80.7777-0.2972-0.21380.56110.23711.10630.025-0.07680.0877-0.0052-0.01380.1750.0185-0.1231-0.01260.1237-0.0326-0.00380.1559-0.03720.1973-39.874324.1373-9.3147
91.8025-1.768-0.12832.50830.11920.03960.13230.03030.0307-0.0941-0.19780.1260.09-0.14510.04320.1728-0.02090.02320.1865-0.01540.1346-31.554521.38-8.134
100.7201-0.1471-0.01960.85140.26830.4681-0.0686-0.0994-0.10690.0580.00390.11260.1549-0.05810.05220.1898-0.03730.01580.1606-0.00050.1606-27.374213.1738-0.9077
111.26130.7463-0.37863.901-1.05071.17250.1056-0.10350.09920.0119-0.3030.67130.0218-0.09250.140.15860.00340.02280.2143-0.08280.3186-48.908436.7346-5.3093
120.6811-0.1194-0.05530.88540.1640.25920.0343-0.08210.00030.1201-0.05860.28380.0468-0.14270.010.1542-0.03810.03080.2068-0.03060.225-41.608120.9942-1.8809
130.5192-0.4833-0.85923.48842.48242.36490.09330.04190.00430.0414-0.021-0.06160.2186-0.1628-0.06940.15560.0137-0.01150.18640.00450.0939-4.233419.9825-0.4487
140.59780.1436-0.31070.4998-0.32071.5386-0.0032-0.009-0.039-0.0109-0.0025-0.05380.17620.0512-0.00380.16470.0045-0.00490.11350.00420.1337-11.29814.2085-22.2648
150.97350.3602-0.11430.8549-0.19850.1547-0.0272-0.0053-0.042-0.0757-0.00920.11870.0858-0.05740.01790.1765-0.0276-0.00950.1443-0.00710.1311-26.202315.8391-24.4353
161.51042.0511.15323.60341.68341.32330.0916-0.0143-0.1345-0.11790.0054-0.37710.00250.0853-0.12670.15150.01890.02080.20280.0080.17723.709921.4823-20.9647
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180.6606-0.15050.74944.189-1.87661.55090.16770.04680.02710.177-0.18270.2227-0.02480.0205-0.05960.17290.02110.02550.2282-0.06470.2546-40.492241.99440.0093
191.0348-0.12480.41970.34190.11992.3057-0.00670.16840.0998-0.1569-0.13450.1655-0.2283-0.10480.140.24690.0564-0.05970.1523-0.01670.229-35.546251.7989-29.7576
200.6669-0.30090.5231-0.0037-0.07020.9779-0.00360.01830.031-0.0536-0.03290.0863-0.1334-0.00970.03560.17130.0187-0.04440.1171-0.02520.1811-31.932648.0558-17.2893
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
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22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 135 through 170 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 171 through 188 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 189 through 236 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 237 through 262 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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