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万見
- PDB-1vmc: STROMA CELL-DERIVED FACTOR-1ALPHA (SDF-1ALPHA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vmc
タイトルSTROMA CELL-DERIVED FACTOR-1ALPHA (SDF-1ALPHA)
要素Stromal cell-derived factor 1
キーワードCYTOKINE / CXC-CHEMOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / regulation of actin polymerization or depolymerization / telencephalon cell migration / chemokine receptor binding / response to ultrasound / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of vasculature development ...chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / regulation of actin polymerization or depolymerization / telencephalon cell migration / chemokine receptor binding / response to ultrasound / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of vasculature development / positive regulation of dopamine secretion / Signaling by ROBO receptors / induction of positive chemotaxis / integrin activation / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / chemokine-mediated signaling pathway / cellular response to chemokine / positive regulation of monocyte chemotaxis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / blood circulation / positive regulation of calcium ion import / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / animal organ regeneration / positive regulation of T cell migration / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of neuron differentiation / axon guidance / adult locomotory behavior / cell chemotaxis / growth factor activity / defense response / response to virus / response to peptide hormone / intracellular calcium ion homeostasis / neuron migration / chemotaxis / integrin binding / : / G alpha (i) signalling events / Estrogen-dependent gene expression / response to hypoxia / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stromal cell-derived factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Gozansky, E.K. / Clore, G.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Mapping the binding of the N-terminal extracellular tail of the CXCR4 receptor to stromal cell-derived factor-1alpha.
著者: Gozansky, E.K. / Louis, J.M. / Caffrey, M. / Clore, G.M.
履歴
登録2004年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stromal cell-derived factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3441
ポリマ－8,3441
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 100RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Stromal cell-derived factor 1


分子量: 8343.800 Da / 分子数: 1 / 断片: SDF-1ALPHA (residues 22-89) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL12, SDF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48061
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111(1) TRIPLE RESONANCE FOR ASSIGNMENT OF PROTEIN
121(2) QUANTITATIVE J CORRELATION FOR COUPLING CONSTANTS
131(3) 3D
1414D HETERONUCLEAR SEPARATED NOE EXPTS
151(4) IPAP HSQC EXPT FOR DIPOLAR MEASURED IN 5% DMPC:DHPC (3:1) BICELLES

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試料調製

試料状態イオン強度: 50 mM SODIUM PHOSPHATE / pH: 5.5 / 温度: 308.00 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMX500BrukerDMX5005001
Bruker DMX600BrukerDMX6006002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XPLOR-NIH(HTTP://NMR.CIT.NIH.GOV/XPLOR_NIH)C.D.SCHWIETERS,J.J.KUSZEWSKI,N.TJANDRA,G.M.CLORE精密化
XPLOR-NIH構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: THE TARGET FUNCTION COMPRISES TERMS FOR THE NOE-DERIVED INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS, TORSION ANGLE RESTRAINTS, 3JHN-HALPHA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS, 13CALPHA/BETA CHEMICAL SHIFT ...詳細: THE TARGET FUNCTION COMPRISES TERMS FOR THE NOE-DERIVED INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS, TORSION ANGLE RESTRAINTS, 3JHN-HALPHA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS, 13CALPHA/BETA CHEMICAL SHIFT RESTRAINTS, AND RESIDUAL DIPOLAR COUPLING RESTRAINTS (N-H); THE NON-BONDED INTERACTIONS ARE REPRESENTED BY A QUARTIC VAN DER WAALS REPULSION TERM, TORSION ANGLE AND HYDROGEN BONDING DATABASE POTENTIALS OF MEAN FORCE, AND A RADIUS OF GYRATION RESTRAINT. IN THIS ENTRY THE LAST COLUMN REPRESENTS THE AVERAGE RMS DIFFERENCE BETWEEN THE INDIVIDUAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES BEST-FITTED TO RESIDUES 8-65. ONLY RESIDUES 8-68 ARE SHOWN SINCE RESIDUES 1-7 AT THE C-TERMINUS ARE DISORDERED IN SOLUTION EXPERIMENTAL RESTRAINTS: 562 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS: (173 INTRARESIDUE; 174 SEQUENTIAL, 94 MEDIUM-RANGE, AND 121 LONG-RANGE INTERRESIDUE; 58 DISTANCE RESTRAINTS FOR 29 BACKBONE H-BONDS 202 TORSION ANGLE RESTRAINTS (69 PHI, 55 PSI, 78 CHI) 189 CALPHA/CBETA CHEMICAL SHIFT RESTRAINTS 37 3JHN-HA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS 35 RESIDUAL NH DIPOLAR COUPLING RESTRAINTS 135 CA/CB 13C SHIFTS DIPOLAR COUPLING R-FACTOR: 5.5% (DA = -9.7Hz, RHOMBICITY = 0.46)
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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