PDB-1vm6: Crystal structure of Dihydrodipicolinate reductase (TM1520) from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vm6

タイトル

Crystal structure of Dihydrodipicolinate reductase (TM1520) from Thermotoga maritima at 2.27 A resolution

要素

Dihydrodipicolinate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TM1520 / DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Dihydrodipicolinate reductase (TM1520) from Thermotoga maritima at 2.27 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2004年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vm6.cif.gz	196.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vm6.ent.gz	156.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vm6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/1vm6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/1vm6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1arzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tej-d 5ten-1 5us6-1 5us6-2 1arz-d 5us6-3 6l1q-d 3ijp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 283377

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydrodipicolinate reductase

B: Dihydrodipicolinate reductase

C: Dihydrodipicolinate reductase

D: Dihydrodipicolinate reductase

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.077, 109.217, 112.602
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.23, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
1	3	A
2	3	B
3	3	C
4	3	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	PHE	PHE	A	A	1 - 98	13 - 110
2	1	MET	MET	PHE	PHE	B	B	1 - 98	13 - 110
3	1	MET	MET	PHE	PHE	C	C	1 - 98	13 - 110
4	1	MET	MET	PHE	PHE	D	D	1 - 98	13 - 110
1	2	SER	SER	ILE	ILE	A	A	99 - 182	111 - 194
2	2	SER	SER	ILE	ILE	B	B	99 - 182	111 - 194
3	2	SER	SER	ILE	ILE	C	C	99 - 182	111 - 194
4	2	SER	SER	ILE	ILE	D	D	99 - 182	111 - 194
1	3	SER	SER	ILE	ILE	A	A	183 - 212	195 - 224
2	3	SER	SER	ILE	ILE	B	B	183 - 212	195 - 224
3	3	SER	SER	ILE	ILE	C	C	183 - 212	195 - 224
4	3	SER	SER	ILE	ILE	D	D	183 - 212	195 - 224

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Dihydrodipicolinate reductase / DHPR 分子量: 25225.061 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: dapB, TM1520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1K8, EC: 1.3.1.26

-
非ポリマー , 5種, 550分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.36 %
結晶化	温度: 293 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 4.5 詳細: 20.0% PEG-400, 0.2M Ca(OAc)2, 0.1M Acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.980075
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月24日 / 詳細: flat mirror
放射	モノクロメーター: single crystal Si(311) bent monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.980075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→29.03 Å / Num. obs: 61963 / % possible obs: 47.8 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 46.59 Å² / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.27→2.39 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 7228 / R_sym value: 0.507 / % possible all: 38.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
XSCALE		データスケーリング
SCALA	4.2)	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1arz

1arz

解像度: 2.27→29.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 10.618 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21256	3151	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17127	-	-	-
obs	0.17334	58811	95.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.509 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.77 Å²	0 Å²	-0.6 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→29.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6730	0	275	529	7534

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	7142
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	6640
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.596	2.008	9642
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.919	3	15462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.804	5	861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.816	24.216	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.438	15	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.957	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7671
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	6699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	4282
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	436
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.196	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.205	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.187	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.237	3	4646
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.526	3	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.742	5	6938
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.936	8	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.093	11	2704
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	3359

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	575	tight positional	0.05	0.05
1	2	B	575	tight positional	0.07	0.05
1	3	C	575	tight positional	0.05	0.05
1	4	D	575	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	915	medium positional	0.59	0.5
1	2	B	915	medium positional	0.87	0.5
1	3	C	915	medium positional	0.61	0.5
1	4	D	915	medium positional	0.56	0.5
1	1	A	575	tight thermal	0.09	0.5
1	2	B	575	tight thermal	0.15	0.5
1	3	C	575	tight thermal	0.1	0.5
1	4	D	575	tight thermal	0.1	0.5
1	1	A	915	medium thermal	0.6	2
1	2	B	915	medium thermal	0.91	2
1	3	C	915	medium thermal	0.73	2
1	4	D	915	medium thermal	0.72	2
2	1	A	493	tight positional	0.06	0.05
2	2	B	493	tight positional	0.09	0.05
2	3	C	493	tight positional	0.09	0.05
2	4	D	493	tight positional	0.09	0.05
2	1	A	788	medium positional	0.71	0.5
2	2	B	788	medium positional	0.9	0.5
2	3	C	788	medium positional	0.85	0.5
2	4	D	788	medium positional	0.77	0.5
2	1	A	493	tight thermal	0.13	0.5
2	2	B	493	tight thermal	0.15	0.5
2	3	C	493	tight thermal	0.14	0.5
2	4	D	493	tight thermal	0.16	0.5
2	1	A	788	medium thermal	0.82	2
2	2	B	788	medium thermal	0.95	2
2	3	C	788	medium thermal	1	2
2	4	D	788	medium thermal	0.89	2
3	1	A	176	tight positional	0.08	0.05
3	2	B	176	tight positional	0.09	0.05
3	3	C	176	tight positional	0.1	0.05
3	4	D	176	tight positional	0.06	0.05
3	1	A	272	medium positional	0.64	0.5
3	2	B	272	medium positional	0.65	0.5
3	3	C	272	medium positional	0.89	0.5
3	4	D	272	medium positional	0.63	0.5
3	1	A	176	tight thermal	0.11	0.5
3	2	B	176	tight thermal	0.12	0.5
3	3	C	176	tight thermal	0.16	0.5
3	4	D	176	tight thermal	0.11	0.5
3	1	A	272	medium thermal	0.89	2
3	2	B	272	medium thermal	0.92	2
3	3	C	272	medium thermal	1.03	2
3	4	D	272	medium thermal	0.71	2

LS精密化シェル

解像度: 2.27→2.329 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	185	5.43 %
R_work	0.261	3220	-
obs	-	-	71.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9168	0.0448	-0.4041	4.6471	-0.0355	3.7069	-0.0202	0.0513	0.5971	0.4511	0.2434	0.3464	-0.7693	-0.6104	-0.2232	0.1409	0.226	0.1105	-0.0257	0.1842	-0.0214	12.9957	34.1037	23.6416
2	2.7191	-0.479	-0.4304	3.3681	1.1335	3.4248	-0.1642	-0.1852	0.1478	0.0974	0.1069	0.0281	-0.3812	-0.0745	0.0573	-0.3245	0.062	-0.0113	-0.2798	0.0059	-0.2088	24.1122	12.7793	59.9664
3	5.0873	2.2945	-0.4862	5.7868	-0.7988	5.8735	-0.4359	0.5899	-0.6593	-0.9594	0.5106	-0.4325	1.1435	-0.105	-0.0748	0.1902	-0.32	0.0988	-0.0555	-0.1711	-0.0178	15.1416	-36.2354	20.7533
4	2.7967	-1.2484	-0.7013	4.0903	1.7099	6.5955	0.027	0.0815	-0.2094	-0.0866	0.168	-0.3586	0.5801	0.7964	-0.195	-0.1217	-0.0502	0.0369	-0.0645	-0.1316	-0.1046	50.0445	-17.1882	9.6694
5	0.9774	-0.2524	-0.0655	4.0484	-0.1904	0.526	-0.0049	0.2864	0.0785	-0.1964	0.1704	-0.1465	-0.3275	-0.3134	-0.1655	-0.1522	-0.0056	-0.0474	-0.0655	0.0963	-0.1874	21.3229	14.6377	18.2619
6	0.8702	-0.2977	-0.5961	1.2176	1.3758	3.5062	-0.1455	0.0709	-0.113	0.1046	0.0405	0.1744	0.091	-0.3256	0.1049	-0.3425	-0.0175	-0.0155	-0.2418	0.0462	-0.1818	23.202	-1.1098	43.2625
7	0.33	0.2303	0.0292	3.2387	-0.4903	0.9069	-0.1523	0.2138	-0.1314	-0.132	0.1831	0.2702	0.0909	-0.3745	-0.0308	-0.2659	-0.1488	-0.0348	-0.0282	-0.0064	-0.1012	13.1507	-12.019	27.3297
8	1.1828	-1.234	-0.9269	2.388	1.4382	3.112	-0.0165	0.2508	-0.0199	-0.4265	0.1102	-0.1657	-0.3275	-0.0058	-0.0937	-0.2478	-0.143	-0.0256	-0.1738	-0.0255	-0.1992	38.5577	-0.8993	18.3246

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	1 - 99	13 - 111
2	2	B	B	1 - 99	13 - 111
3	3	C	C	1 - 99	13 - 111
4	4	D	D	1 - 99	13 - 111
5	5	A	A	101 - 212	113 - 224
6	6	B	B	101 - 212	113 - 224
7	7	C	C	101 - 212	113 - 224
8	8	D	D	101 - 212	113 - 224

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 550分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 5種, 550分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 550分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)