PDB-1vlq: Crystal structure of Acetyl xylan esterase (TM0077) from Thermoto...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vlq

タイトル

Crystal structure of Acetyl xylan esterase (TM0077) from Thermotoga maritima at 2.10 A resolution

要素

acetyl xylan esterase

キーワード

HYDROLASE / TM0077 / ACETYL XYLAN ESTERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

xylan metabolic process / cephalosporin C metabolic process / cephalosporin-C deacetylase / cephalosporin-C deacetylase activity / polysaccharide metabolic process / acetylxylan esterase / acetylxylan esterase activity / carboxylic ester hydrolase activity / cellulose catabolic process / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Functional and structural characterization of a thermostable acetyl esterase from Thermotoga maritima.
著者: Levisson, M. / Han, G.W. / Deller, M.C. / Xu, Q. / Biely, P. / Hendriks, S. / Ten Eyck, L.F. / Flensburg, C. / Roversi, P. / Miller, M.D. / McMullan, D. / von Delft, F. / Kreusch, A. / ...

履歴

登録	2004年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2012年5月23日	Group: Database references
改定 1.4	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vlq.cif.gz	804.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vlq.ent.gz	670 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vlq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1vlq_validation.pdf.gz	522.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1vlq_full_validation.pdf.gz	543.7 KB	表示
XML形式データ	1vlq_validation.xml.gz	151.4 KB	表示
CIF形式データ	1vlq_validation.cif.gz	220.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/1vlq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/1vlq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m81C 3m82C 3m83C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jib-d 5gma-d 3m83-d 3m82-d 3m81-d 5fdf-d 3fvr-2 1odt-1 3fyt-1 1l7a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 281958

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: acetyl xylan esterase

B: acetyl xylan esterase

C: acetyl xylan esterase

D: acetyl xylan esterase

E: acetyl xylan esterase

F: acetyl xylan esterase

G: acetyl xylan esterase

H: acetyl xylan esterase

I: acetyl xylan esterase

J: acetyl xylan esterase

K: acetyl xylan esterase

L: acetyl xylan esterase

ヘテロ分子

468 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: acetyl xylan esterase

B: acetyl xylan esterase

C: acetyl xylan esterase

D: acetyl xylan esterase

E: acetyl xylan esterase

F: acetyl xylan esterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
234 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: acetyl xylan esterase

H: acetyl xylan esterase

I: acetyl xylan esterase

J: acetyl xylan esterase

K: acetyl xylan esterase

L: acetyl xylan esterase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
234 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.640, 130.952, 157.815
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 4 - 320 / Label seq-ID: 16 - 332

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H
9	I	I
10	J	J
11	K	K
12	L	L

#1: タンパク質	acetyl xylan esterase 分子量: 38991.184 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / 遺伝子: TM0077 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WXT2, cephalosporin-C deacetylase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.69 %
結晶化	温度: 293 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 4.2 詳細: 20% PEG-300, 10% glycerol, 0.1M Phosphate-citrate pH 4.2 0.2 M (NH4)2SO4 4.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	1	0.91837
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	2		0.918370,0.979126

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月2日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	double crystal monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.979126	1

反射

解像度: 2.1→29.56 Å / Num. obs: 293140 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 32.49 Å² / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 9.1

反射シェル

解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 30908 / R_sym value: 0.433 / % possible all: 67.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	4.2)	データスケーリング
SHARP		位相決定
autoSHARP		位相決定
SHELX		モデル構築
WARP		モデル構築
REFMAC	5.2.0005	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELX		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 5.076 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.17
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THE ACTIVE SITE TRIAD CONSISTS OF SER188, HIS303 AND ASP274. THE ELECTRON DENSITY SUGGESTED THERE COULD EXIST A PARTIALLY OCCUPIED ACYL ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22336	14726	5 %	RANDOM
R_work	0.18354	-	-	-
obs	0.18554	278371	92.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.959 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.71 Å²	0 Å²	-0.82 Å²
2-	-	2.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	31173	0	6	2464	33643

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	32148
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	28509
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.477	1.939	43596
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.927	3	66214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.308	5	3852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.549	23.073	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.046	15	5085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.373	15	225
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	4439
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	36073
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	7284
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	6254
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	28475
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	16852
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	2055
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.214	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.333	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.209	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.176	3	20879
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.198	3	7800
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.593	5	31023
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.775	8	14761
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.035	11	12573
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	15311

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1852	tight positional	0.04	0.05
2	B	1852	tight positional	0.04	0.05
3	C	1852	tight positional	0.04	0.05
4	D	1852	tight positional	0.04	0.05
5	E	1852	tight positional	0.04	0.05
6	F	1852	tight positional	0.04	0.05
7	G	1852	tight positional	0.04	0.05
8	H	1852	tight positional	0.04	0.05
9	I	1852	tight positional	0.04	0.05
10	J	1852	tight positional	0.04	0.05
11	K	1852	tight positional	0.04	0.05
12	L	1852	tight positional	0.04	0.05
1	A	2980	medium positional	0.26	0.5
2	B	2980	medium positional	0.21	0.5
3	C	2980	medium positional	0.22	0.5
4	D	2980	medium positional	0.21	0.5
5	E	2980	medium positional	0.24	0.5
6	F	2980	medium positional	0.22	0.5
7	G	2980	medium positional	0.21	0.5
8	H	2980	medium positional	0.21	0.5
9	I	2980	medium positional	0.22	0.5
10	J	2980	medium positional	0.27	0.5
11	K	2980	medium positional	0.3	0.5
12	L	2980	medium positional	0.27	0.5
1	A	1852	tight thermal	0.16	0.5
2	B	1852	tight thermal	0.2	0.5
3	C	1852	tight thermal	0.2	0.5
4	D	1852	tight thermal	0.16	0.5
5	E	1852	tight thermal	0.15	0.5
6	F	1852	tight thermal	0.16	0.5
7	G	1852	tight thermal	0.16	0.5
8	H	1852	tight thermal	0.19	0.5
9	I	1852	tight thermal	0.16	0.5
10	J	1852	tight thermal	0.18	0.5
11	K	1852	tight thermal	0.18	0.5
12	L	1852	tight thermal	0.2	0.5
1	A	2980	medium thermal	0.98	2
2	B	2980	medium thermal	1.02	2
3	C	2980	medium thermal	1.05	2
4	D	2980	medium thermal	0.92	2
5	E	2980	medium thermal	0.96	2
6	F	2980	medium thermal	0.9	2
7	G	2980	medium thermal	0.95	2
8	H	2980	medium thermal	1.02	2
9	I	2980	medium thermal	0.91	2
10	J	2980	medium thermal	1.01	2
11	K	2980	medium thermal	1.07	2
12	L	2980	medium thermal	1.1	2

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	727	5.05 %
R_work	0.298	13660	-
obs	-	-	61.72 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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