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- PDB-1vku: Crystal structure of Acyl carrier protein (TM0175) from Thermotog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vku
タイトルCrystal structure of Acyl carrier protein (TM0175) from Thermotoga maritima at 2.00 A resolution
要素acyl carrier protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / TM0175 / ACYL CARRIER PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Acyl carrier protein (TM0175) from Thermotoga maritima at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: acyl carrier protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9481
ポリマ－11,9481
非ポリマー00
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.420, 45.420, 74.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 acyl carrier protein


分子量: 11947.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM0175 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WY19
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.14 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 7.7
詳細: 0.2M MgAcetate, 20% PEG-3350, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.898407, 0.979608, 0.979462
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月2日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.8984071
20.9796081
30.9794621
反射解像度: 2→27.02 Å / Num. obs: 6172 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 33.51 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 756 / Rsym value: 0.416 / % possible all: 83.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
autoSHARP位相決定
SOLOMON位相決定
REFMAC5.2.0001精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→27.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 11.87 / SU ML: 0.154 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.184
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: DENSITY FOR HIS -2, HIS -1, GLU 23, THR 24, ILE 81 AND ASP 82 ARE WEAK
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25276 278 4.5 %RANDOM
Rwork0.19696 ---
obs0.19954 5871 96.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.457 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.54 Å20.77 Å20 Å2
2--1.54 Å20 Å2
3----2.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数683 0 0 45 728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3731.977934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.297584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.81426.36433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.56915153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.859152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02492
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1180.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9293439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.035691
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8258284
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.63111243
LS精密化 シェル解像度: 2→2.108 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 32 4.27 %
Rwork0.279 717 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.477 Å / Origin y: 17.427 Å / Origin z: 5.629 Å
111213212223313233
T-0.1951 Å2-0.0124 Å20.0067 Å2--0.1781 Å20.0218 Å2---0.1171 Å2
L2.0729 °20.154 °20.2165 °2-1.1936 °2-0.1977 °2--4.7063 °2
S-0.0871 Å °0.0472 Å °0.057 Å °-0.013 Å °0.045 Å °-0.0433 Å °-0.1613 Å °0.1261 Å °0.0421 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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