[日本語] English
万見
- PDB-1vko: Crystal structure of inositol-3-phosphate synthase (ce21227) from... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vko
タイトルCrystal structure of inositol-3-phosphate synthase (ce21227) from Caenorhabditis elegans at 2.30 A resolution
要素inositol-3-phosphate synthase
キーワードISOMERASE / ce21227 / INOSITOL-3-PHOSPHATE SYNTHASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / : / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PYROPHOSPHATE 2- / :
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of inositol-3-phosphate synthase (ce21227) from Caenorhabditis elegans at 2.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: inositol-3-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2108
ポリマ－60,0071
非ポリマー1,2037
水2,684149
1
A: inositol-3-phosphate synthase
ヘテロ分子

A: inositol-3-phosphate synthase
ヘテロ分子

A: inositol-3-phosphate synthase
ヘテロ分子

A: inositol-3-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,84032
ポリマ－240,0274
非ポリマー4,81328
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area39550 Å2
ΔGint-330 kcal/mol
Surface area65240 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.980, 129.980, 131.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 inositol-3-phosphate synthase


分子量: 60006.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: ce21227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q18664, inositol-3-phosphate synthase

-
非ポリマー , 6種, 156分子

#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#6: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.7455.04
22.7855.43
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
詳細: 0.12M Na Cl, 0.90M Tartrate_K Na, 0.084M Imidazole, 0.016M Imidazole Chloride , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.977757
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月27日 / 詳細: FLAT MIRROR
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(311) BENT MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977757 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.41 Å / Num. obs: 28995 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 49.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 4221 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
REFMAC5.2.0003精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Obtained from MAD data of a crystal of SE-MET substituted protein in space group P21 21 2

解像度: 2.3→29.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 16.544 / SU ML: 0.2 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: EXTRA DENSITY IN THE ACTIVE SITE WAS TENTATIVELY MODELED AS PYROPHOSPHATE BASED ON THE FIT TO ELECTRON DENSITY. ONE POTASSIUM, TWO CHLORINES AND TWO IODIDES ARE MODELED. THESE ENTITIES ARE ...詳細: EXTRA DENSITY IN THE ACTIVE SITE WAS TENTATIVELY MODELED AS PYROPHOSPHATE BASED ON THE FIT TO ELECTRON DENSITY. ONE POTASSIUM, TWO CHLORINES AND TWO IODIDES ARE MODELED. THESE ENTITIES ARE POTENTIALLY FROM THE CRYSTALLIZATION BUFFERS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26455 1470 5.1 %RANDOM
Rwork0.20035 ---
obs0.20352 27525 97.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.39 Å20 Å20 Å2
2--1.05 Å20 Å2
3----5.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4007 0 58 149 4214
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6081.9615657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9445510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.46824.731186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.57715694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6421518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023138
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.21882
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.97632557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.43354159
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.73281620
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.73111498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.22789
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1520.23
LS精密化 シェル解像度: 2.299→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 108 5.18 %
Rwork0.275 1976 -
obs--96.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16550.1861-0.18510.2367-0.05811.0279-0.0047-0.02020.1208-0.04360.05690.00260.34620.202-0.0522-0.04330.1051-0.0115-0.0449-0.02090.002212.681542.281650.6398
23.5835-1.261-3.09333.9456-0.06523.05020.1966-0.17190.0739-0.0983-0.01280.18270.30940.1057-0.18380.0977-0.0156-0.0943-0.09280.0168-0.13410.666823.251275.9671
35.7373-2.17060.99750.8212-0.37740.17340.36360.22830.27540.2017-0.4305-0.1231-0.1313-0.02060.0669-0.00840.06770.06670.0055-0.028-0.018817.758153.555344.7565
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A

IDRefine TLS-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11A11 - 50123 - 513
22A502 - 521514 - 533
33G6011

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る