PDB-1vjx: Crystal structure of a putative ferritin-like diiron-carboxylate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vjx

タイトル

Crystal structure of a putative ferritin-like diiron-carboxylate protein (tm1526) from thermotoga maritima at 2.30 A resolution

要素

putative ferritin-like diiron-carboxylate protein TM1526

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative ferritin-like diiron-carboxylate protein (TM1526) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2004年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vjx.cif.gz	44.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vjx.ent.gz	31.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vjx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/1vjx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/1vjx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5a5o-d 5jgz-d 5eic-2 2huj-d 2dwx-1 6ulq-3 5ixh-1 6uxc-1 3zc4-4 1i5i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 283383

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: putative ferritin-like diiron-carboxylate protein TM1526

18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.333, 82.333, 121.641
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-204- HOH

#1: タンパク質	putative ferritin-like diiron-carboxylate protein TM1526 分子量: 18821.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM1526 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1L2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 4.2 詳細: Phosphate Citrate pH 4.2, 10% 2-propanol, 0.2M Li2SO4 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979292, 0.964063, 0.979127

検出器

タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月20日
詳細: water cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979292	1
2	0.964063	1
3	0.979127	1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 9150 / % possible obs: 94.75 % / 冗長度: 8.82 % / B_iso Wilson estimate: 51.21 Å² / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 22.69

反射シェル

解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / Num. unique all: 897 / R_sym value: 0.681 / % possible all: 95.43

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0000	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→42.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 16.424 / SU ML: 0.202 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.241
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25652	596	6.5 %	RANDOM
R_work	0.21727	-	-	-
obs	0.21979	8537	94.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.678 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.79 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1242	0	0	60	1302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.469	1.96	1711
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.829	3	2704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.743	5	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.034	24.348	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.398	15	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.784	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	187
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	260
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	293
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	747
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.176	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.281	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.202	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.966	1.5	822
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.186	1.5	302
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.234	2	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.072	3	572
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.216	4.5	503

LS精密化シェル

解像度: 2.299→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	48	7.26 %
R_work	0.301	613	-

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 47.7894 Å / Origin y: 50.5616 Å / Origin z: 36.5663 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.371 Å²	-0.0545 Å²	-0.0112 Å²	-	0.1343 Å²	0.0473 Å²	-	-	-0.1272 Å²
L	3.5622 °²	-1.0395 °²	1.5676 °²	-	2.3972 °²	-1.5394 °²	-	-	4.7034 °²
S	-0.1497 Å °	0.3413 Å °	0.3096 Å °	-0.081 Å °	-0.0064 Å °	-0.1317 Å °	-0.2842 Å °	0.0452 Å °	0.1561 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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