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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vjv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 6 (yfr010w) from Saccharomyces cerevisiae at 1.74 A resolution | ||||||
![]() | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 6 | ||||||
![]() | HYDROLASE / yfr010w / UBIQUITIN CARBOXYL-TERMINAL HYDROLASE 6 / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome regulatory particle / proteasome binding / protein deubiquitination / Ub-specific processing proteases / regulation of proteasomal protein catabolic process / proteasome complex / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 6 (yfr010w) from Saccharomyces cerevisiae at 1.74 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE MASS SPECTROMETER DATA AND SEQUENCING THE CONSTRUCT CONFIRMED THAT THE EXPRESSED PROTEIN ...SEQUENCE MASS SPECTROMETER DATA AND SEQUENCING THE CONSTRUCT CONFIRMED THAT THE EXPRESSED PROTEIN COMPRISED AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG [MGSDKIHHHHHH] FOLLOWED BY RESIDUES 97-499 OF THE PREDICTED YFR010W GENE PRODUCT. CLONING ARTIFACT: THE DENSITY FOR RESIDUE 182 FROM EACH MONOMER SUGGESTED THAT THIS RESIDUE WAS AN VALINE AND NOT AN ISOLUCINE. SEQUENCING OF THE CONSTRUCT CONFIRMED THAT RESIDUE 182 IS VALINE IN THE EXPRESSED PROTEIN. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 426.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48647.398 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 97-499 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: UBP6, YFR010W / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 |
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結晶化 |
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.74→79.45 Å / Num. obs: 42823 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 36.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 15.3 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.79 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2820 / % possible all: 89.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.059 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→63.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.74→1.817 Å / Total num. of bins used: 12
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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