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- PDB-1vjn: Crystal structure of a putative zn-dependent hydrolase of the met... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vjn
タイトルCrystal structure of a putative zn-dependent hydrolase of the metallo-beta-lactamase superfamily (tm0207) from thermotoga maritima at 2.00 A resolution
要素Zn-dependent hydrolase of metallo-beta-lactamase superfamily TM0207
キーワードHYDROLASE / Metallo-hydrolase/oxidoreductase fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性Beta-lactamase superfamily domain / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta / MBL fold metallo-hydrolase
機能・相同性情報
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Zn-dependent hydrolase of metallo-beta-lactamase superfamily (TM0207) from Thermotoga maritima at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zn-dependent hydrolase of metallo-beta-lactamase superfamily TM0207
B: Zn-dependent hydrolase of metallo-beta-lactamase superfamily TM0207


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0902
ポリマ－50,0902
非ポリマー00
水2,774154
1
A: Zn-dependent hydrolase of metallo-beta-lactamase superfamily TM0207


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0451
ポリマ－25,0451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Zn-dependent hydrolase of metallo-beta-lactamase superfamily TM0207


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0451
ポリマ－25,0451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.147, 45.723, 63.491
Angle α, β, γ (deg.)73.66, 89.25, 64.96
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B
111A
121B
131A
141B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISPROPRO5AA0 - 3212 - 44
21HISHISPROPRO5BB0 - 3212 - 44
32ILEILEASPASP6AA33 - 3945 - 51
42ILEILEASPASP6BB33 - 3945 - 51
53VALVALLEULEU5AA40 - 11652 - 128
63VALVALLEULEU5BB40 - 11652 - 128
74THRTHRGLUGLU6AA117 - 123129 - 135
84THRTHRGLUGLU6BB117 - 123129 - 135
95ILEILETYRTYR5AA124 - 162136 - 174
105ILEILETYRTYR5BB124 - 162136 - 174
116LYSLYSLEULEU6AA163 - 171175 - 183
126LYSLYSLEULEU6BB163 - 171175 - 183
137LEULEUVALVAL5AA172 - 207184 - 219
147LEULEUVALVAL5BB172 - 207184 - 219

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要素

#1: タンパク質 Zn-dependent hydrolase of metallo-beta-lactamase superfamily TM0207


分子量: 25045.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0207 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WY50
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 5
詳細: 20% PEG-6000, 0.1M citric acid pH 5.0, 1M LiCl, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-BM10.97944
シンクロトロンSSRL BL9-120.979148, 0.898403
検出器
タイプID検出器日付詳細
APS-11CCD2002年10月26日water cooled, sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
ADSC QUANTUM 3152CCD2002年12月2日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Rosenbaum-Rock double-crystal monochromatorMADMx-ray1
2single crystal Si(311) bent monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979441
20.9791481
30.8984031
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 26349 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 2.48 % / Biso Wilson estimate: 40.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 10.38
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.19 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique all: 2099 / % possible all: 73.47

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.2.0000精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→38.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 9.293 / SU ML: 0.129 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.162
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21993 1319 5 %RANDOM
Rwork0.1784 ---
obs0.18053 25012 93.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.677 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.97 Å20.19 Å20.97 Å2
2---0.92 Å20.75 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2966 0 0 154 3120
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223030
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.9494100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75436538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1895375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8624.839124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.21715516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.889157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02573
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2492
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.22777
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21802
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2670.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1960.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2830.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.78531935
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6643781
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.82153058
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.90281217
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.672111042
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
966medium positional0.190.5
1841loose positional0.75
966medium thermal0.972
1841loose thermal2.6310
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 68 4.84 %
Rwork0.256 1337 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4578-0.3027-0.38412.714-0.13522.13960.0766-0.05810.01460.1969-0.0065-0.032-0.10780.0007-0.07010.12210.00530.04280.043-0.00750.047516.66522.7721.017
22.7467-1.8105-3.93484.00083.18028.90380.14910.55460.12-0.515-0.27750.2225-0.2733-0.80310.12840.15580.02130.01330.18220.05320.1146-1.4235.472-6.455
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 207 / Label seq-ID: 13 - 219

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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