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- PDB-1vj7: Crystal structure of the bifunctional catalytic fragment of RelSe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vj7
タイトルCrystal structure of the bifunctional catalytic fragment of RelSeq, the RelA/SpoT homolog from Streptococcus equisimilis.
要素Bifunctional RELA/SPOT
キーワードHYDROLASE / TRANSFERASE / HD domain / alpha beta 2-layer sandwich / helix bundle / manganese / GDP / ppG2':3'p / (P)PPGPP / PPGPP / rela / spot / stringent response / stringent factor / stringent effector / magic spot / rsh
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase / guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase activity / GTP diphosphokinase / GTP diphosphokinase activity / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / kinase activity / GTP binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / HD domain / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain ...RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / HD domain / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / ACT domain profile. / ACT domain / HD domain profile. / ACT-like domain / HD domain / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / HD domain / Beta-grasp domain superfamily / Beta Polymerase, domain 2 / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-GPX / : / Bifunctional (p)ppGpp synthase/hydrolase RelA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, MIR(AS) / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hogg, T. / Mechold, U. / Malke, H. / Cashel, M. / Hilgenfeld, R.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004
タイトル: Conformational antagonism between opposing active sites in a bifunctional RelA/SpoT homolog modulates (p)ppGpp metabolism during the stringent response.
著者: Hogg, T. / Mechold, U. / Malke, H. / Cashel, M. / Hilgenfeld, R.
履歴
登録2004年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional RELA/SPOT
B: Bifunctional RELA/SPOT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7147
ポリマ－91,2132
非ポリマー1,5015
水3,531196
1
A: Bifunctional RELA/SPOT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1043
ポリマ－45,6061
非ポリマー4982
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bifunctional RELA/SPOT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6104
ポリマ－45,6061
非ポリマー1,0033
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.490, 45.450, 126.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The asymmetric unit contains two copies of the N-terminal bifunctional catalytic domain. The biological unit is believed to be a single copy of the full-length protein, including the C-terminal ribosome-binding domain.

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional RELA/SPOT / ATP:GTP 3'- pyrophosphotransferase / ppGpp synthetase I / P / ppGpp synthetase / Stringent response- ...ATP:GTP 3'- pyrophosphotransferase / ppGpp synthetase I / P / ppGpp synthetase / Stringent response-like protein


分子量: 45606.352 Da / 分子数: 2
断片: (p)ppGpp-3'-pyrophosphohydrolase and (p)ppGpp-synthetase subdomains
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis (バクテリア)
生物種: Streptococcus dysgalactiae / 株: subsp. equisimilis / 遺伝子: RELA, REL, SPOT, RSH / プラスミド: PET-21(+)-PENH385 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(lambda DE3)
参照: UniProt: Q54089, guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase, GTP diphosphokinase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-GPX / GUANOSINE 5'-DIPHOSPHATE 2':3'-CYCLIC MONOPHOSPHATE


分子量: 505.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O13P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.15 %
結晶化温度: 298 K / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, sodium chloride, magnesium chloride, TRIS, MES, GDP, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8445
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月15日
放射モノクロメーター: RHODIUM COATED PRE-MIRROR BENT SINGLE-CRYSTAL GERMANIUM TRIANGULAR MONOCHROMATOR; SEGMENTED MIRROR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8445 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→22.7 Å / Num. obs: 53798 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, MIR(AS) / 解像度: 2.1→22.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 7.327 / SU ML: 0.199 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 2700 5 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.238 51035 98 %-
all-52098 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.81 Å20 Å20.12 Å2
2--5.23 Å20 Å2
3----1.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.191 Å0.219 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→22.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5139 0 89 196 5424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225325
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0681.9727201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.972311265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.193627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.52315992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2805
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021081
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2490.31298
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2180.34915
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0560.52
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.5272
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1630.54
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.310
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2480.350
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3380.57
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.040.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.60923155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.49235093
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4473.52170
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1334.52108
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.331 184
Rwork0.305 3691
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.56250.43880.56861.41490.53822.93950.2572-0.5093-0.04180.1058-0.2572-0.10770.0543-0.280300.176-0.1105-0.02990.1457-0.00720.1529107.0236-12.600578.3517
27.2981.49241.61972.41370.42363.54320.233-0.1647-0.810.0373-0.0991-0.24350.20580.0144-0.13390.1706-0.0773-0.04840.04150.00540.2248124.5004-15.291174.1616
32.77690.7707-0.30511.0143-0.72592.81470.16340.05720.18040.0829-0.0961-0.087-0.1736-0.0489-0.06730.16250.01510.0030.1018-0.03640.2268137.46662.10362.6234
46.48620.9768-0.77711.93841.00616.05530.0354-0.30980.53870.12090.10470.07-0.41830.7931-0.14010.2915-0.15970.01290.2759-0.0450.2101172.733411.487998.5696
58.76381.12152.0912.39131.53996.3961-0.0162-0.4729-0.45960.21260.15360.0130.35370.0178-0.13740.2941-0.07210.04730.14320.01760.2239158.61151.0684101.9017
64.0749-1.7274-2.55130.98941.4952.44530.15230.34670.078-0.20940.05380.1186-0.2935-0.3231-0.20610.4772-0.04670.0350.35680.07740.3093136.119512.586105.6819
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 109
2X-RAY DIFFRACTION1A124 - 131
3X-RAY DIFFRACTION1A997
4X-RAY DIFFRACTION1A2002 - 2241
5X-RAY DIFFRACTION2A132 - 152
6X-RAY DIFFRACTION2A159 - 195
7X-RAY DIFFRACTION2A363 - 371
8X-RAY DIFFRACTION3A196 - 341
9X-RAY DIFFRACTION3A998
10X-RAY DIFFRACTION3A2242
11X-RAY DIFFRACTION4B5 - 112
12X-RAY DIFFRACTION4B1997
13X-RAY DIFFRACTION4B1999
14X-RAY DIFFRACTION4B2001 - 2243
15X-RAY DIFFRACTION5B132 - 195
16X-RAY DIFFRACTION5B364 - 370
17X-RAY DIFFRACTION6B196 - 210
18X-RAY DIFFRACTION6B217 - 253
19X-RAY DIFFRACTION6B262 - 340
20X-RAY DIFFRACTION6B1998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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