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万見
- PDB-1vj6: PDZ2 from PTP-BL in complex with the C-terminal ligand from the A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vj6
タイトルPDZ2 from PTP-BL in complex with the C-terminal ligand from the APC protein
要素
  • Adenomatous polyposis coli protein
  • protein-tyrosine-phosphatase (nonreceptor type 13)
キーワードHydrolase/Signaling Protein / PDZ / complex / APC / protein-protein interaction / PTP-BL / C-terminus / Hydrolase-Signaling Protein COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of odontogenesis / canonical Wnt signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process / canonical Wnt signaling pathway involved in positive regulation of apoptotic process / negative regulation of acinar cell proliferation / axis specification / acinar cell proliferation / Apoptotic cleavage of cellular proteins / RND3 GTPase cycle / Beta-catenin phosphorylation cascade / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane ...negative regulation of odontogenesis / canonical Wnt signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process / canonical Wnt signaling pathway involved in positive regulation of apoptotic process / negative regulation of acinar cell proliferation / axis specification / acinar cell proliferation / Apoptotic cleavage of cellular proteins / RND3 GTPase cycle / Beta-catenin phosphorylation cascade / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / nitrogen cycle metabolic process / RND2 GTPase cycle / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Ovarian tumor domain proteases / RND1 GTPase cycle / regulation of epithelial cell differentiation / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Scrib-APC-beta-catenin complex / proximal/distal pattern formation / negative regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / regulation of epithelial cell migration / positive regulation of fibroblast apoptotic process / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of pseudopodium assembly / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein localization to centrosome / regulation of osteoclast differentiation / cell projection membrane / fibroblast migration / pattern specification process / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / negative regulation of microtubule depolymerization / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / beta-catenin destruction complex / regulation of microtubule-based process / microtubule plus-end binding / dorsal/ventral pattern formation / protein kinase regulator activity / endothelial cell proliferation / positive regulation of fibroblast migration / microtubule depolymerization / fibroblast apoptotic process / anterior/posterior pattern specification / epithelial cell apoptotic process / odontogenesis / muscle cell cellular homeostasis / stem cell population maintenance / skin development / regulation of osteoblast differentiation / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / dynein complex binding / negative regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of Wnt signaling pathway / microtubule polymerization / regulation of cell differentiation / mitotic cytokinesis / positive regulation of cell division / somatic stem cell population maintenance / hair follicle development / chromosome organization / lateral plasma membrane / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of MAPK cascade / axonal growth cone / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of microtubule polymerization / protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / positive regulation of cell adhesion / axonogenesis / regulation of cell migration / thymus development / epithelial cell proliferation / kidney development / cell projection / adherens junction / positive regulation of cell differentiation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein catabolic process / beta-catenin binding / kinetochore / Wnt signaling pathway / ruffle membrane / positive regulation of protein catabolic process / negative regulation of epithelial cell proliferation / MAPK cascade / insulin receptor signaling pathway / cell migration / lamellipodium / positive regulation of cold-induced thermogenesis / T cell differentiation in thymus / microtubule cytoskeleton / growth cone
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13 / Unstructured linker region on PTN13 protein between PDZ / : / KIND domain / KIND domain profile. / kinase non-catalytic C-lobe domain / Adenomatous polyposis coli protein repeat / SAMP / EB-1 binding / Adenomatous polyposis coli protein basic domain ...Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13 / Unstructured linker region on PTN13 protein between PDZ / : / KIND domain / KIND domain profile. / kinase non-catalytic C-lobe domain / Adenomatous polyposis coli protein repeat / SAMP / EB-1 binding / Adenomatous polyposis coli protein basic domain / Adenomatous polyposis coli protein, 15 residue repeat / Adenomatous polyposis coli (APC) family / Adenomatous polyposis coli protein / Adenomatous polyposis coli, N-terminal dimerisation domain / APC, N-terminal coiled-coil domain superfamily / Adenomatous polyposis coli (APC) repeat / APC repeat / SAMP Motif / EB-1 Binding Domain / APC basic domain / APC 15 residue motif / Adenomatous polyposis coli tumour suppressor protein / Armadillo-associated region on APC / Unstructured region on APC between 1st and 2nd catenin-bdg motifs / Unstructured region on APC between 1st two creatine-rich regions / Unstructured region on APC between APC_crr and SAMP / Unstructured region on APC between SAMP and APC_crr / Unstructured region on APC between APC_crr regions 5 and 6 / Coiled-coil N-terminus of APC, dimerisation domain / Adenomatous polyposis coli (APC) repeat / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Armadillo-like helical / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adenomatous polyposis coli protein / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / Initial calculations with XPLOR version 3.851, restrained molecular dynamics protocol under a CHARMM22 forcefield.
データ登録者Walma, T. / Vuister, G.W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Demonstration of long-range interactions in a PDZ domain by NMR, kinetics, and protein engineering.
著者: Gianni, S. / Walma, T. / Arcovito, A. / Calosci, N. / Bellelli, A. / Engstrom, A. / Travaglini-Allocatelli, C. / Brunori, M. / Jemth, P. / Vuister, G.W.
履歴
登録2004年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein-tyrosine-phosphatase (nonreceptor type 13)
B: Adenomatous polyposis coli protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1952
ポリマ－12,1952
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)35 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 protein-tyrosine-phosphatase (nonreceptor type 13)


分子量: 10858.336 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: PTP-BL / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q64512, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド Adenomatous polyposis coli protein / APC protein / mAPC


分子量: 1336.518 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminus of APC / 由来タイプ: 合成
詳細: This protein has been chemically synthesized. It is present in mouse.
参照: UniProt: Q61315

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細内容: 1mM PDZ2 protein, U-15N,13C; 3mM APC peptide, unlabelled
溶媒系: 50 mM KH2PO4/K2HPO4 50 mM KCl, pH 6.8, H2O/D2O (95%/5%)
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2003Delaglio解析
X-PLOR3.851Brunger精密化
CHARMM22MacKerell精密化
精密化手法: Initial calculations with XPLOR version 3.851, restrained molecular dynamics protocol under a CHARMM22 forcefield.
ソフトェア番号: 1
詳細: 1470 distance restraints (intra/sequential/medium/long/inter) (529/323/166/378/74), 28 hydrogen bonds, Dihedral angle restraints (phi/psi/chi) (69/72/13)
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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