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万見
- PDB-1vhb: BACTERIAL DIMERIC HEMOGLOBIN FROM VITREOSCILLA STERCORARIA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vhb
タイトルBACTERIAL DIMERIC HEMOGLOBIN FROM VITREOSCILLA STERCORARIA
要素HEMOGLOBIN
キーワードOXYGEN TRANSPORT / HEME / RESPIRATORY PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to nitrosative stress / nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / nitric oxide catabolic process / FAD binding / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Bacterial hemoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Vitreoscilla stercoraria (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / SIR-DENSITY MODIFICATION / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Tarricone, C. / Galizzi, A. / Coda, A. / Ascenzi, P. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Unusual structure of the oxygen-binding site in the dimeric bacterial hemoglobin from Vitreoscilla sp.
著者: Tarricone, C. / Galizzi, A. / Coda, A. / Ascenzi, P. / Bolognesi, M.
履歴
登録1997年2月19日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN
B: HEMOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8144
ポリマ－31,5812
非ポリマー1,2332
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.320, 41.420, 62.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (0.26808, -0.9634), (-1), (-0.9634, -0.26808) / ベクター: 68.79999, 20.77, 90.56)

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN / SOLUBLE CYTOCHROME O


分子量: 15790.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vitreoscilla stercoraria (バクテリア)
株: C1 / 遺伝子: VGB / プラスミド: PDH88 / 遺伝子 (発現宿主): VGB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5-ALPHA / 参照: UniProt: P04252
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4
詳細: PRECIPITANT: AMMONIUM SULFATE 1.2 M. BUFFER: PYROPHOSPHATE 0.2 M PH 6.4. ADDITIVES: ETHYLENE GLYCOL 3% V/V. PROTEIN CONCENTRATION 25 MG/ML. VAPOR DIFFUSION TECHNIQUES., vapor diffusion
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.3 Mammonium salfate11
20.1 Mpyrophosphate11
33 %(v/v)ethylene glycol11

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW21B / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→25 Å / Num. obs: 26582 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.36 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.83→1.88 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 61
反射
*PLUS
Num. measured all: 101071

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEITモデル構築
SHELX90モデル構築
MLPHARE位相決定
SOLOMON位相決定
直接法モデル構築
GLRF位相決定
NCSMASKモデル構築
TNT1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
SCALEIT位相決定
SHELX-90位相決定
直接法位相決定
NCSMASK位相決定
精密化構造決定の手法: SIR-DENSITY MODIFICATION / 解像度: 1.83→15 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1100 4.1 %EVERY 24TH REFLECTION
Rwork0.184 ---
all-27040 --
obs-27040 95 %-
溶媒の処理Bsol: 167 Å2 / ksol: 0.58 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2042 0 86 119 2247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011217824
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.788295613
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d13.148123615
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0155420
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01730250
X-RAY DIFFRACTIONt_it4.478207810
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.043100
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.184 / Rfactor Rfree: 0.254
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg13.14815
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.01520
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.01750

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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