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- PDB-1vgl: Crystal structure of tetrameric KaiB from T.elongatus BP-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vgl
タイトルCrystal structure of tetrameric KaiB from T.elongatus BP-1
要素Circadian clock protein kaiB
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Circadian clock protein KaiB / Circadian clock protein KaiB-like / KaiB domain / KaiB domain / KaiB / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Circadian clock oscillator protein KaiB
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Iwase, R. / Imada, K. / Hayashi, F. / Uzumaki, T. / Namba, K. / Ishiura, M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Functionally important substructures of circadian clock protein KaiB in a unique tetramer complex.
著者: Iwase, R. / Imada, K. / Hayashi, F. / Uzumaki, T. / Morishita, M. / Onai, K. / Furukawa, Y. / Namba, K. / Ishiura, M.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of the circadian clock protein KaiB from the thermophilic cyanobacterium Thermosynechococcus elongatus BP-1
著者: Iwase, R. / Imada, K. / Hayashi, F. / Uzumaki, T. / Namba, K. / Ishiura, M.
履歴
登録2004年4月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Circadian clock protein kaiB
B: Circadian clock protein kaiB
C: Circadian clock protein kaiB
D: Circadian clock protein kaiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5706
ポリマ－48,1684
非ポリマー4012
水1,67593
1
A: Circadian clock protein kaiB
B: Circadian clock protein kaiB
ヘテロ分子

A: Circadian clock protein kaiB
B: Circadian clock protein kaiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5706
ポリマ－48,1684
非ポリマー4012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area7070 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area18220 Å2
手法PISA
2
C: Circadian clock protein kaiB
D: Circadian clock protein kaiB
ヘテロ分子

C: Circadian clock protein kaiB
D: Circadian clock protein kaiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5706
ポリマ－48,1684
非ポリマー4012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area6930 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.740, 33.410, 93.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.12, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質
Circadian clock protein kaiB / KaiB


分子量: 12042.086 Da / 分子数: 4 / 変異: T64C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q79V61
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 3350, DMSO, acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→100 Å / Num. all: 12369 / Num. obs: 12369 / % possible obs: 99.96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 %
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.8 % / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.289 622 RANDOM
Rwork0.227 --
all0.23 11736 -
obs0.23 11736 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3164 0 2 93 3259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.659
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.008
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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