+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vgl | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of tetrameric KaiB from T.elongatus BP-1 | ||||||
要素 | Circadian clock protein kaiB | ||||||
キーワード | CIRCADIAN CLOCK PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Iwase, R. / Imada, K. / Hayashi, F. / Uzumaki, T. / Namba, K. / Ishiura, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: Functionally important substructures of circadian clock protein KaiB in a unique tetramer complex. 著者: Iwase, R. / Imada, K. / Hayashi, F. / Uzumaki, T. / Morishita, M. / Onai, K. / Furukawa, Y. / Namba, K. / Ishiura, M. #1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2004 タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of the circadian clock protein KaiB from the thermophilic cyanobacterium Thermosynechococcus elongatus BP-1 著者: Iwase, R. / Imada, K. / Hayashi, F. / Uzumaki, T. / Namba, K. / Ishiura, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vgl.cif.gz | 89.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1vgl.ent.gz | 70.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vgl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vgl_validation.pdf.gz | 455.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1vgl_full_validation.pdf.gz | 471.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1vgl_validation.xml.gz | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vgl_validation.cif.gz | 26.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/1vgl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/1vgl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12042.086 Da / 分子数: 4 / 変異: T64C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q79V61 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: PEG 3350, DMSO, acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.008 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.008 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→100 Å / Num. all: 12369 / Num. obs: 12369 / % possible obs: 99.96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.8 % / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|