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万見
- PDB-1vg8: GPPNHP-Bound Rab7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vg8
タイトルGPPNHP-Bound Rab7
要素Ras-related protein Rab-7
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GTP-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TBC/RABGAPs / RHOF GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / synaptic vesicle recycling via endosome / positive regulation of viral process / lipophagy / phagosome acidification / RAC2 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle ...RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TBC/RABGAPs / RHOF GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / synaptic vesicle recycling via endosome / positive regulation of viral process / lipophagy / phagosome acidification / RAC2 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / protein to membrane docking / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / RAB geranylgeranylation / RHOQ GTPase cycle / epidermal growth factor catabolic process / alveolar lamellar body / RAC1 GTPase cycle / negative regulation of exosomal secretion / phagosome-lysosome fusion / establishment of vesicle localization / presynaptic endosome / MHC class II antigen presentation / retromer complex binding / vesicle-mediated transport in synapse / retromer complex / endosome to plasma membrane protein transport / phagophore assembly site membrane / positive regulation of exosomal secretion / melanosome membrane / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / retrograde transport, endosome to Golgi / Neutrophil degranulation / endosome to lysosome transport / viral release from host cell / autophagosome membrane / autophagosome assembly / bone resorption / intracellular transport / lipid catabolic process / phagocytic vesicle / lipid droplet / small monomeric GTPase / response to bacterium / mitochondrial membrane / terminal bouton / small GTPase binding / synaptic vesicle membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of protein catabolic process / GDP binding / late endosome membrane / late endosome / G protein activity / lysosome / endosome / endosome membrane / lysosomal membrane / GTPase activity / GTP binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab-7a
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Rak, A. / Pylypenko, O. / Niculae, A. / Pyatkov, K. / Goody, R.S. / Alexandrov, K.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004
タイトル: Structure of the Rab7:REP-1 complex: insights into the mechanism of Rab prenylation and choroideremia disease
著者: Rak, A. / Pylypenko, O. / Niculae, A. / Pyatkov, K. / Goody, R.S. / Alexandrov, K.
履歴
登録2004年4月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-7
B: Ras-related protein Rab-7
C: Ras-related protein Rab-7
D: Ras-related protein Rab-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,30912
ポリマ－94,1234
非ポリマー2,1868
水12,719706
1
A: Ras-related protein Rab-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0773
ポリマ－23,5311
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ras-related protein Rab-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0773
ポリマ－23,5311
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ras-related protein Rab-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0773
ポリマ－23,5311
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ras-related protein Rab-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0773
ポリマ－23,5311
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.058, 57.071, 74.310
Angle α, β, γ (deg.)71.73, 71.69, 77.65
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Ras-related protein Rab-7 / RAS-related protein P23 / RAS-related protein BRL-RAS


分子量: 23530.744 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09527
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 706 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 24% PEG 3350, 0.25M Ammonium Phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.6 Å / Num. all: 88795 / Num. obs: 88795 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 9.95
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.04 / Num. unique all: 13795 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ProDCデータ収集
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Rab7 from REP1:Rab7 complex (PDB code 1VG0)

1vg0


解像度: 1.7→19.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1233297.15 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 4440 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 88795 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.9582 Å2 / ksol: 0.354415 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5841 0 132 706 6679
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.14
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.451.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.372
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.512.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 728 5 %
Rwork0.261 13845 -
obs--95.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4GNP_XPLOR_PARAM.TXT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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