PDB-1vfi: Solution Structure of Vanabin2 (RUH-017), a Vanadium-binding Prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vfi

タイトル

Solution Structure of Vanabin2 (RUH-017), a Vanadium-binding Protein from Ascidia sydneiensis samea

要素

vanadium-binding protein 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / vanadium-binding / Ascidian / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類 / oxidoreductase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Ascidia sydneiensis samea (すじきれぼや)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Hamada, T. / Hirota, H. / Asanuma, M. / Hayashi, F. / Kobayashi, N. / Ueki, T. / Michibata, H. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005
タイトル: Solution Structure of Vanabin2, a Vanadium(IV)-Binding Protein from the Vanadium-Rich Ascidian Ascidia sydneiensis samea
著者: Hamada, T. / Asanuma, M. / Ueki, T. / Hayashi, F. / Kobayashi, N. / Yokoyama, S. / Michibata, H. / Hirota, H.

履歴

登録	2004年4月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vfi.cif.gz	542.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vfi.ent.gz	454.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vfi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/1vfi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/1vfi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1u5m-d 2qnd-2 1dq7-d 4nez-d 1g83-2 2a7t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ar_001000080.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: vanadium-binding protein 2

10.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	vanadium-binding protein 2 / Vanabin2 / RUH-017 分子量: 10507.256 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-95 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ascidia sydneiensis samea (すじきれぼや) 生物種: Ascidia sydneiensis / 株: samea / プラスミド: pMAL-c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q86BW2
Has protein modification	Y

#1: タンパク質

vanadium-binding protein 2 / Vanabin2 / RUH-017

分子量: 10507.256 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-95 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Ascidia sydneiensis samea (すじきれぼや)
生物種: Ascidia sydneiensis / 株: samea / プラスミド: pMAL-c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q86BW2

Has protein modification

Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using 3D NMR techniques

-
試料調製

詳細	内容: 0.7mM vanadium-binding protein U-15N, 13C; 20mM potassium phosphate buffer (pH 6.9) 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
NMRPipe	21_2	Delaglio, F.	collection
NMRView	5.0.4	Johnson, B. A.	データ解析
KUJIRA	0.8995	Kobayashi, N.	構造決定
CYANA	1.0.7	Guentert, P.	構造決定
CYANA	1.0.7	Guentert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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