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- PDB-1vfg: Crystal structure of tRNA nucleotidyltransferase complexed with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vfg
タイトルCrystal structure of tRNA nucleotidyltransferase complexed with a primer tRNA and an incoming ATP analog
要素
  • RNA (75-MER)
  • poly A polymerase
キーワードTRANSFERASE/RNA / TRANSFERASE / RNA / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics / TRANSFERASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP:3'-cytidine-cytidine-tRNA adenylyltransferase activity / tRNA processing / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / cca-adding enzyme, domain 2 / cca-adding enzyme, domain 2 / Poly A polymerase, head domain / Poly A polymerase head domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily ...: / cca-adding enzyme, domain 2 / cca-adding enzyme, domain 2 / Poly A polymerase, head domain / Poly A polymerase head domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / RNA / RNA (> 10) / A-adding tRNA nucleotidyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tomita, K. / Fukai, S. / Ishitani, R. / Ueda, T. / Takeuchi, N. / Vassylyev, D.G. / Nureki, O. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Structural basis for template-independent RNA polymerization.
著者: Tomita, K. / Fukai, S. / Ishitani, R. / Ueda, T. / Takeuchi, N. / Vassylyev, D.G. / Nureki, O.
履歴
登録2004年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: RNA (75-MER)
D: RNA (75-MER)
A: poly A polymerase
B: poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,7656
ポリマ－139,7544
非ポリマー1,0102
水1,42379
1
C: RNA (75-MER)
A: poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3823
ポリマ－69,8772
非ポリマー5051
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: RNA (75-MER)
B: poly A polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3823
ポリマ－69,8772
非ポリマー5051
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.476, 125.900, 58.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: RNA鎖 RNA (75-MER)


分子量: 24155.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA Polymerase in Thermotoga maritima
#2: タンパク質 poly A polymerase / A-adding enzyme


分子量: 45721.840 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 1-390 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66728, polynucleotide adenylyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: the file contains Friedel pairs
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: MPD, magnesium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2magnesium acetate11
3MPD12
4magnesium acetate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.000, 0.9793, 0.9795, 0.9843, 0.9743
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月9日 / 詳細: Si(111)
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97931
30.97951
40.98431
50.97431
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 39382 / Num. obs: 39382 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.398 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: This crystal has a pseudo-merohedral perfect twinning in P2, which pretends P2(1)2(1)2. beta is 90 degree since Depositors processed the data with P2(1)2(1)2, and expanded them to the P2 ...詳細: This crystal has a pseudo-merohedral perfect twinning in P2, which pretends P2(1)2(1)2. beta is 90 degree since Depositors processed the data with P2(1)2(1)2, and expanded them to the P2 space group. The file contains Friedel pairs.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2865 1945 RANDOM
Rwork0.2297 --
all-39038 -
obs-39038 -
原子変位パラメータBiso mean: 87.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5794 1384 62 79 7319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.52
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.23
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3263 180 -
Rwork0.3013 --
obs--95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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