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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vfa | ||||||
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タイトル | BOUND WATER MOLECULES AND CONFORMATIONAL STABILIZATION HELP MEDIATE AN ANTIGEN-ANTIBODY ASSOCIATION | ||||||
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![]() | IMMUNOGLOBULIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / adaptive immune response / blood microparticle / immune response / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Bhat, T.N. / Poljak, R.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Bound water molecules and conformational stabilization help mediate an antigen-antibody association. 著者: Bhat, T.N. / Bentley, G.A. / Boulot, G. / Greene, M.I. / Tello, D. / Dall'Acqua, W. / Souchon, H. / Schwarz, F.P. / Mariuzza, R.A. / Poljak, R.J. #1: ![]() タイトル: Small Rearrangements in Structures of Fv and Fab Fragments of an Antibody D1.3 On Antigen Binding 著者: Bhat, T.N. / Bentley, G.A. / Fischmann, T.O. / Boulot, G. / Poljak, R.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 367.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 371.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 8 / 2: CIS PROLINE - PRO A 95 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 11858.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 12857.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE ANTIBODY IS SECRETED INTO PERIPLASMIC SPACE. VH AND VL DOMAINS ARE COVALENTLY LINKED AND THEY ...THE ANTIBODY IS SECRETED INTO PERIPLASMI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4.2 / 手法: unknown | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 20354 / % possible obs: 83 % / Num. measured all: 77771 / Rmerge(I) obs: 0.043 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.158 / Rfactor obs: 0.158 / 最高解像度: 1.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. reflection obs: 18035 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.158 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.8 |