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万見
- PDB-1vex: F-spondin TSR domain 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vex
タイトルF-spondin TSR domain 4
要素F-spondin
キーワードCELL ADHESION / F-spondin / TSR
機能・相同性
機能・相同性情報


O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / positive regulation of protein processing / LBD domain binding / negative regulation of amyloid-beta formation / extracellular matrix / protein processing / cell adhesion / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Spondin, N-terminal / Spondin, N-terminal domain superfamily / Reeler domain / Spondin_N / Spondin domain profile. / TSP-1 type 1 repeat / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Reeler domain / Reeler domain superfamily ...: / Spondin, N-terminal / Spondin, N-terminal domain superfamily / Reeler domain / Spondin_N / Spondin domain profile. / TSP-1 type 1 repeat / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Reeler domain / Reeler domain superfamily / Reelin domain profile. / Spondin-like TSP1 domain / Spondin-like TSP1 domain / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Paakkonen, K. / Tossavainen, H. / Permi, P. / Kilpelainen, I. / Guntert, P.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Solution structures of the first and fourth TSR domains of F-spondin
著者: Paakkonen, K. / Tossavainen, H. / Permi, P. / Rakkolainen, H. / Rauvala, H. / Raulo, E. / Kilpelainen, I. / Guntert, P.
履歴
登録2004年4月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F-spondin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2401
ポリマ－6,2401
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 F-spondin


分子量: 6240.194 Da / 分子数: 1 / 断片: F-spondin TSR domain 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35446

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
131SCT-HMSQC-HA
NMR実験の詳細Text: The first two aminoacids (GS) of the sequence come from the expression system and are not part of the native domain sequence

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試料調製

詳細内容: U-13C, U-15N / 溶媒系: 20mM bisTris buffer, 95% H2O, 5% D2O
試料状態pH: 6.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 283.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.0.30Guntert, P. et al.構造決定
OPALp1.3Koradi, R. et al.精密化
NMRPipe2.1Delaglio, F. et al解析
Sparky3.1Goddard, T.D. and Kneller, D.G.データ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 848 restraints, 825 are NOE-derived distance constraints, 23 phi angle constraints
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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