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- PDB-1vca: CRYSTAL STRUCTURE OF AN INTEGRIN-BINDING FRAGMENT OF VASCULAR CEL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vca
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN INTEGRIN-BINDING FRAGMENT OF VASCULAR CELL ADHESION MOLECULE-1 AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION
要素HUMAN VASCULAR CELL ADHESION MOLECULE-1
キーワードCELL ADHESION PROTEIN / IMMUNOGLOBULIN SUPERFAMILY / INTEGRIN-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac neuron differentiation / alpha9-beta1 integrin-vascular cell adhesion molecule-1 complex / cell-cell adhesion mediated by integrin / cell adhesion mediator activity / chronic inflammatory response / membrane to membrane docking / leukocyte tethering or rolling / primary methylamine oxidase activity / innervation / amine metabolic process ...cardiac neuron differentiation / alpha9-beta1 integrin-vascular cell adhesion molecule-1 complex / cell-cell adhesion mediated by integrin / cell adhesion mediator activity / chronic inflammatory response / membrane to membrane docking / leukocyte tethering or rolling / primary methylamine oxidase activity / innervation / amine metabolic process / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / heterotypic cell-cell adhesion / podosome / leukocyte cell-cell adhesion / response to ionizing radiation / response to zinc ion / microvillus / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / Integrin cell surface interactions / positive regulation of T cell proliferation / cell adhesion molecule binding / response to nutrient / B cell differentiation / cell-matrix adhesion / cell chemotaxis / filopodium / response to nicotine / sarcolemma / cellular response to amyloid-beta / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / integrin binding / apical part of cell / cellular response to tumor necrosis factor / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / response to ethanol / early endosome / response to hypoxia / cell adhesion / inflammatory response / external side of plasma membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vascular cell adhesion molecule-1 / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / : / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain ...Vascular cell adhesion molecule-1 / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / : / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular cell adhesion protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Jones, E.Y. / Harlos, K. / Bottomley, M.J. / Robinson, R.C. / Driscoll, P.C. / Edwards, R.M. / Clements, J.M. / Dudgeon, T.J. / Stuart, D.I.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of an integrin-binding fragment of vascular cell adhesion molecule-1 at 1.8 A resolution.
著者: Jones, E.Y. / Harlos, K. / Bottomley, M.J. / Robinson, R.C. / Driscoll, P.C. / Edwards, R.M. / Clements, J.M. / Dudgeon, T.J. / Stuart, D.I.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Characterisation of Both a Native and Selenomethionyl Vla-4 Binding Fragment of Vcam-1
著者: Bottomley, M.J. / Robinson, R.C. / Driscoll, P.C. / Harlos, K. / Stuart, D.I. / Aplin, R.T. / Clements, J.M. / Jones, E.Y. / Dudgeon, T.J.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1994
タイトル: Expression and Characterisation of a Very-Late Antigen-4 (Alpha4Beta1) Integrin Binding Fragment of Vascular Cell-Adhesion Molecule-1
著者: Dudgeon, T.J. / Bottomley, M.J. / Driscoll, P.C. / Humphries, M.J. / Mould, A.P. / Wingfield, G.I. / Clements, J.M.
履歴
登録1995年3月21日処理サイト: BNL
改定 1.01995年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HUMAN VASCULAR CELL ADHESION MOLECULE-1
B: HUMAN VASCULAR CELL ADHESION MOLECULE-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0712
ポリマ－45,0712
非ポリマー00
水4,576254
1
A: HUMAN VASCULAR CELL ADHESION MOLECULE-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5361
ポリマ－22,5361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HUMAN VASCULAR CELL ADHESION MOLECULE-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5361
ポリマ－22,5361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.700, 66.500, 113.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 7 / 2: CIS PROLINE - PRO A 60 / 3: CIS PROLINE - PRO A 120 / 4: CIS PROLINE - PRO B 7 / 5: CIS PROLINE - PRO B 60 / 6: CIS PROLINE - PRO B 120

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要素

#1: タンパク質 HUMAN VASCULAR CELL ADHESION MOLECULE-1 / VCAM-D1 / 2


分子量: 22535.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: HW1110 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19320
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Bottomley, M.J., (1994) J.Mol.Biol., 244, 464.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
113 mg/mlprotein1drop
20.14 Mlithium sulphate monohydrate1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoir
420-22 %(w/v)PEG40001reservoir
51reservoir

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 32077 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.087

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.8→15 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.202 -
obs0.202 32030
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3108 0 0 254 3362
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.99
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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