[日本語] English
万見
- PDB-1vb4: T=1 capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deleti... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vb4
タイトルT=1 capsid structure of Sesbania mosaic virus coat protein deletion mutant CP-N(delta)36
要素coat protein
キーワードVIRUS / T=1 capsids / Deletion Mutant / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature. / Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sesbania mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Sangita, V. / Lokesh, G.L. / Satheshkumar, P.S. / Vijay, C.S. / Saravanan, V. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: T=1 capsid structures of Sesbania mosaic virus coat protein mutants: determinants of T=3 and T=1 capsid assembly
著者: Sangita, V. / Lokesh, G.L. / Satheshkumar, P.S. / Vijay, C.S. / Saravanan, V. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.
履歴
登録2004年2月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5042
ポリマ－24,4641
非ポリマー401
水1,60389
1
A: coat protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,470,224120
ポリマ－1,467,81960
非ポリマー2,40560
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: coat protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 123 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,51910
ポリマ－122,3185
非ポリマー2005
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: coat protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 147 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,02212
ポリマ－146,7826
非ポリマー2406
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: coat protein
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.47 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,470,224120
ポリマ－1,467,81960
非ポリマー2,40560
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)187.302, 193.308, 268.368
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.46379824, -0.51524644, 0.72070264), (0.84952038, 0.48949601, -0.19674547), (-0.25140866, 0.70350178, 0.66473974)-26.47621, -22.50936, 33.49784
3generate(-0.40379444, 0.01583412, 0.91471271), (0.85930641, -0.3365168, 0.38516093), (0.31391488, 0.94154433, 0.12227725)-3.01598, -62.61023, 46.58616
4generate(-0.40379444, 0.85930641, 0.31391488), (0.01583412, -0.3365168, 0.94154433), (0.91471271, 0.38516093, 0.12227725)37.95945, -64.88457, 21.17735
5generate(0.46379824, 0.84952038, -0.25140866), (-0.51524644, 0.48949601, 0.70350178), (0.72070264, -0.19674547, 0.66473974)39.82343, -26.18932, -7.61448
6generate(-0.40015784, -0.01876851, 0.91625403), (-0.01876851, -0.99941275, -0.02866875), (0.91625403, -0.02866875, 0.39957059)-3.2719, 2.9618, 2.20267
7generate(-0.43189094, 0.84157914, 0.32436827), (-0.85051873, -0.49970666, 0.16404616), (0.30014681, -0.20503124, 0.9315976)38.43777, 24.99452, -8.02619
8generate(0.43307938, 0.86267356, -0.26122134), (-0.86022271, 0.3090291, -0.40560808), (-0.26918237, 0.40036902, 0.87592551)41.79483, 64.2563, 19.84868
9generate(0.99939353, 0.01536298, -0.03124987), (-0.03446988, 0.3091492, -0.95038866), (-0.00493993, 0.95088945, 0.30949126)2.15995, 66.4887, 47.30517
10generate(0.48442461, -0.52939818, 0.69646993), (0.48557742, -0.49951234, -0.71742734), (0.72770006, 0.68572953, 0.01508773)-25.69282, 28.60661, 36.39934
11generate(-0.99960068, 0.02825563, 0.00031736), (0.02825563, 0.99934845, 0.02245652), (0.00031736, 0.02245652, -0.99974777)84.73362, -2.73245, 136.66082
12generate(-0.43968909, 0.52909498, -0.72576305), (0.85642602, 0.49041667, -0.16132563), (0.27056972, -0.69249548, -0.66876157)110.57388, -25.223, 102.65755
13generate(0.42801306, -0.02503748, -0.90342567), (0.8543865, -0.31470633, 0.41350168), (-0.29466682, -0.94885882, -0.11330673)85.99409, -64.34095, 88.67945
14generate(0.40437089, -0.86834953, -0.28714679), (0.02495561, -0.30336792, 0.95254665), (-0.91425456, -0.39234806, -0.10100297)44.9627, -66.02661, 114.04379
15generate(-0.47794292, -0.83541257, 0.27139712), (-0.48562135, 0.50876259, 0.71086745), (-0.73194431, 0.20795783, -0.64885366)44.18369, -27.95047, 143.69791
16generate(0.39975852, -0.00948712, -0.91657139), (-0.00948712, -0.9999357, 0.00621223), (-0.91657139, 0.00621223, -0.39982282)88.0886, 0.18443, 134.52418
17generate(0.40778179, -0.85542767, -0.31930786), (-0.85542767, -0.48020602, 0.19402494), (-0.31930786, 0.19402494, -0.92757577)47.01489, 23.15162, 145.25848
18generate(-0.457298, -0.8534702, 0.2499343), (-0.8534702, 0.34219403, -0.39305453), (0.2499343, -0.39305453, -0.88489603)44.77738, 63.10865, 118.27338
19generate(-0.99996999, -0.00631986, 0.00448178), (-0.00631986, 0.33073553, -0.94370232), (0.00448178, -0.94370232, -0.33076554)84.46823, 64.83626, 90.86137
20generate(-0.47027992, 0.51529037, -0.71645839), (0.51529037, -0.49874626, -0.69694189), (-0.71645839, -0.69694189, -0.03097382)111.23603, 25.94695, 100.90492
21generate(0.47771722, 0.53314584, 0.69824191), (0.83310421, -0.02270473, -0.55264986), (-0.27878958, 0.84571863, -0.45501249)-25.63953, 2.56443, 111.17535
22generate(0.4989386, 0.50604509, 0.70354718), (0.50604509, -0.82915802, 0.23751914), (0.70354718, 0.23751914, -0.66978058)-26.89885, -37.49452, 84.27813
23generate(0.48442461, 0.48557742, 0.72770006), (-0.52939818, -0.49951234, 0.68572953), (0.69646993, -0.71742734, 0.01508773)-27.93229, -24.27248, 37.86826
24generate(0.45423309, 0.50002844, 0.73732208), (-0.8422782, 0.51067318, 0.17256979), (-0.29024081, -0.69941723, 0.65312771)-27.31168, 23.95814, 36.08261
25generate(0.4500877, 0.52942734, 0.71911595), (-0.00020541, 0.80535649, -0.59279076), (-0.89298433, 0.26666012, 0.3625898)-25.89467, 40.54426, 81.38889
26generate(0.43859832, -0.56181651, 0.70142264), (-0.83931471, 0.02289905, 0.54316338), (-0.32122007, -0.82694488, -0.46149738)-24.0855, -1.44595, 113.59013
27generate(-0.45019718, -0.00754109, 0.89289733), (-0.50637545, 0.82577932, -0.24833933), (-0.7354634, -0.56394295, -0.37558214)0.44435, 38.45528, 125.24965
28generate(-0.43968909, 0.85642602, 0.27056972), (0.52909498, 0.49041667, -0.69249548), (-0.72576305, -0.16132563, -0.66876157)42.44374, 24.95559, 144.83474
29generate(0.45560076, 0.83611164, -0.30552458), (0.83611164, -0.51972911, -0.17549638), (-0.30552458, -0.17549638, -0.93587165)43.87094, -23.28891, 145.27947
30generate(0.99841224, -0.04041045, -0.03924284), (-0.00961206, -0.80867089, 0.5881828), (-0.05550327, -0.5868717, -0.80777534)2.75361, -39.60596, 125.96923
31generate(-0.46224049, 0.56197675, -0.68594158), (-0.83358847, -0.01156065, 0.55226499), (0.30243016, 0.82707223, 0.47380114)108.8047, -2.30717, 23.05923
32generate(0.43547604, 0.03069202, -0.89967695), (-0.53528207, 0.81236401, -0.23138242), (0.72376358, 0.58234244, 0.37019394)85.41578, 38.523, 12.30648
33generate(0.45423309, -0.8422782, -0.29024081), (0.50002844, 0.51067318, -0.69941723), (0.73732208, 0.17256979, 0.65312771)43.05793, 26.65863, -7.5635
34generate(-0.43189094, -0.85051873, 0.30014681), (0.84157914, -0.49970666, -0.20503124), (0.32436827, 0.16404616, 0.9315976)40.26826, -21.50412, -9.09106
35generate(-0.99830276, 0.01735856, 0.05559028), (0.01735856, -0.82246492, 0.56855091), (0.05559028, 0.56855091, 0.82076768)80.902, -39.40597, 9.83483
36generate(-0.45407505, -0.53330608, -0.71372297), (0.83979896, 0.01136633, -0.54277851), (0.29757949, -0.84584599, 0.44270872)110.47066, 1.60246, 25.56296
37generate(-0.48421746, -0.52919602, -0.69676756), (0.53561243, -0.80898531, 0.24220261), (-0.69184737, -0.25591863, 0.67516877)110.58905, -39.06999, 51.55342
38generate(-0.49896861, -0.49972524, -0.70802896), (-0.49972524, -0.50157751, 0.70618318), (-0.70802896, 0.70618318, 0.00054612)111.98094, -26.92797, 98.24818
39generate(-0.47794292, -0.48562135, -0.73194431), (-0.83541257, 0.50876259, 0.20795783), (0.27139712, 0.71086745, -0.64885366)112.7228, 21.24866, 101.11667
40generate(-0.45019718, -0.50637545, -0.7354634), (-0.00754109, 0.82577932, -0.56394295), (0.89289733, -0.24833933, -0.37558214)111.78939, 38.88143, 56.19473
41generate(0.47771722, 0.83310421, -0.27878958), (0.53314584, -0.02270473, 0.84571863), (0.69824191, -0.55264986, -0.45501249)41.10653, -80.29523, 69.906
42generate(0.99939353, -0.03446988, -0.00493993), (0.01536298, 0.3091492, 0.95088945), (-0.03124987, -0.95038866, 0.30949126)0.3669, -65.5701, 48.61706
43generate(0.43547604, -0.53528207, 0.72376358), (0.03069202, 0.81236401, 0.58234244), (-0.89967695, -0.23138242, 0.37019394)-25.48284, -41.08286, 81.20437
44generate(-0.43472045, 0.02277305, 0.90027747), (0.55794875, 0.79151393, 0.24939704), (-0.70690263, 0.61072668, -0.35679349)-0.71922, -40.67405, 122.63337
45generate(-0.40861396, 0.86848229, 0.28066554), (0.86848229, 0.27541307, 0.41217248), (0.28066554, 0.41217248, -0.86679911)40.43528, -64.90863, 115.6506
46generate(-0.46224049, -0.83358847, 0.30243016), (0.56197675, -0.01156065, 0.82707223), (-0.68594158, 0.55226499, 0.47380114)41.3969, -80.24404, 64.98235
47generate(-0.99857028, 0.0428897, 0.03190416), (0.0428897, 0.28663138, 0.95708042), (0.03190416, 0.95708042, -0.2880611)82.52957, -67.1577, 86.58367
48generate(-0.43472045, 0.55794875, -0.70690263), (0.02277305, 0.79151393, 0.61072668), (0.90027747, 0.24939704, -0.35679349)109.07123, -42.68502, 54.54627
49generate(0.4500877, -0.00020541, -0.89298433), (0.52942734, 0.80535649, 0.26666012), (0.71911595, -0.59279076, 0.3625898)84.3422, -40.64641, 13.14476
50generate(0.43307938, -0.86022271, -0.26918237), (0.86267356, 0.3090291, 0.40036902), (-0.26122134, -0.40560808, 0.87592551)42.51716, -63.85916, 19.59461
51generate(-0.45407505, 0.83979896, 0.29757949), (-0.53330608, 0.01136633, -0.84584599), (-0.71372297, -0.54277851, 0.44270872)41.20921, 80.51879, 68.39828
52generate(0.42801306, 0.8543865, -0.29466682), (-0.02503748, -0.31470633, -0.94885882), (-0.90342567, 0.41350168, -0.11330673)44.29633, 66.04885, 114.34234
53generate(0.99841224, -0.00961206, -0.05550327), (-0.04041045, -0.80867089, -0.5868717), (-0.03924284, 0.5881828, -0.80777534)3.86177, 42.01087, 125.15844
54generate(0.4688502, -0.55818007, 0.68455423), (-0.55818007, -0.78788512, -0.26013853), (0.68455423, -0.26013853, -0.68096509)-24.21528, 41.62451, 85.8991
55generate(-0.42883631, -0.03321519, 0.90277138), (-0.86280632, -0.28107424, -0.42019344), (0.26770259, -0.95911106, 0.09187657)-1.13329, 65.42372, 50.81939
56generate(0.43859832, -0.83931471, -0.32122007), (-0.56181651, 0.02289905, -0.82694488), (0.70142264, 0.54316338, -0.46149738)45.83768, 80.43425, 70.10105
57generate(-0.42883631, -0.86280632, 0.26770259), (-0.03321519, -0.28107424, -0.95911106), (0.90277138, -0.42019344, 0.09187657)42.35752, 67.09272, 23.84461
58generate(-0.99916783, -0.01305462, 0.03864232), (-0.01305462, -0.79520705, -0.60619743), (0.03864232, -0.60619743, 0.79437488)82.10016, 42.17078, 12.4786
59generate(-0.48421746, 0.53561243, -0.69184737), (-0.52919602, -0.80898531, -0.25591863), (-0.69676756, 0.24220261, 0.67516877)110.14262, 40.10972, 51.71045
60generate(0.40437089, 0.02495561, -0.91425456), (-0.86834953, -0.30336792, -0.39234806), (-0.28714679, 0.95254665, -0.10100297)87.73118, 63.75784, 87.32309

-
要素

#1: タンパク質 coat protein


分子量: 24463.658 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 37-268 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sesbania mosaic virus (ウイルス) / 属: Sobemovirus / プラスミド: pRSET C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EB06
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, magnesium chloride, isopropanol , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年7月29日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→15 Å / Num. all: 288416 / Num. obs: 205217 / % possible obs: 71.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rsym value: 0.152
反射 シェル解像度: 3.3→3.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.226 / % possible all: 73.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
GLRF位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 248421.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 19598 9.9 %RANDOM
Rwork0.255 ---
obs0.255 197581 69.7 %-
all-288416 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.248255 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1454 0 1 89 1544
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.442
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.222.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 3393 10.1 %
Rwork0.299 30364 -
obs--71.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る