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- PDB-2buk: SATELLITE TOBACCO NECROSIS VIRUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2buk
タイトルSATELLITE TOBACCO NECROSIS VIRUS
要素COAT PROTEIN
キーワードVIRUS / CAPSID / TOBACCO NECROSIS SATELLITE VIRUS / VIRUS/VIRAL PROTEIN / ICOSAHEDRAL VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / structural molecule activity / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Satellite tobacco necrosis virus coat protein-like / Satellite tobacco necrosis virus coat protein / Satellite virus coat / Satellite virus coat domain superfamily / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種TOBACCO NECROSIS VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Jones, T.A. / Liljas, L.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: Structure of Satellite Tobacco Necrosis Virus After Crystallographic Refinement at 2.5 A Resolution.
著者: Jones, T.A. / Liljas, L.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1984
タイトル: Crystallographic Refinement of Macromolecules Having Non-Crystallographic Symmetry
著者: Jones, T.A. / Liljas, L.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Structure of Satellite Tobacco Necrosis Virus at 3.0 Angstroms Resolution
著者: Liljas, L. / Unge, T. / Jones, T.A. / Fridborg, K. / Lovgren, S. / Skoglund, U. / Strandberg, B.
履歴
登録2005年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2005年8月18日ID: 2STV
改定 1.02005年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月11日Group: Derived calculations / Other / Version format compliance
改定 1.22017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COAT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8604
ポリマ－21,7401
非ポリマー1203
水2,846158
1
A: COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,311,593240
ポリマ－1,304,37960
非ポリマー7,214180
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 109 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,29920
ポリマ－108,6985
非ポリマー60115
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 131 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,15924
ポリマ－130,4386
非ポリマー72118
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.31 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,311,593240
ポリマ－1,304,37960
非ポリマー7,214180
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)317.270, 304.030, 184.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
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48generate(0.665865, -0.517986, -0.536949), (-0.699235, -0.18229, -0.691261), (0.260183, 0.835739, -0.483575)49.61551, 83.80458, 49.43258
49generate(0.959675, 0.276944, 0.04823), (-0.047613, 0.329224, -0.943051), (-0.27705, 0.902726, 0.329135)0.75334, 47.19938, 51.58891
50generate(0.359826, 0.294838, 0.885209), (0.06296, 0.938922, -0.338321), (-0.930893, 0.177469, 0.319286)6.42364, 11.00421, 100.47511
51generate(0.08603, 0.109448, -0.990263), (0.995821, 0.021141, 0.08885), (0.03066, -0.993768, -0.107172)113.55681, -77.87507, 49.00213
52generate(0.317855, 0.881474, -0.349244), (0.551537, 0.127715, 0.824315), (0.771217, -0.454634, -0.445571)66.69993, -79.0264, 9.82037
53generate(-0.322164, 0.829642, 0.455966), (-0.048104, -0.495369, 0.86735), (0.945461, 0.257495, 0.199499)76.81691, -36.60392, -32.9591
54generate(-0.949542, 0.025581, 0.312593), (0.025581, -0.987031, 0.158481), (0.312593, 0.158481, 0.936573)129.92641, -9.23406, -20.2165
55generate(-0.697265, -0.419523, -0.581225), (0.670762, -0.667809, -0.322659), (-0.252785, -0.614842, 0.74704)152.63292, -34.74104, 30.43832
56generate(-0.488144, 0.764903, -0.420284), (-0.855907, -0.325368, 0.401944), (0.170701, 0.555931, 0.813512)129.69021, 44.78298, -4.00758
57generate(-0.697265, 0.670762, -0.252785), (-0.419523, -0.667809, -0.614842), (-0.581225, -0.322659, 0.74704)137.42286, 59.54741, 54.76589
58generate(-0.813364, 0.443206, -0.376838), (0.443206, 0.052487, -0.894882), (-0.376838, -0.894882, -0.239123)151.76727, 8.61369, 85.29616
59generate(-0.675997, 0.39671, -0.621007), (0.540018, 0.840096, -0.05117), (0.501406, -0.369946, -0.782133)152.89994, -37.6295, 45.39144
60generate(-0.475, 0.595529, -0.647858), (-0.262878, 0.606569, 0.750313), (0.839804, 0.526706, -0.131569)139.25557, -15.27565, -9.80131

-
要素

#1: タンパク質 COAT PROTEIN / SATELLITE TOBACCO NECROSIS VIRUS 1


分子量: 21739.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TOBACCO NECROSIS VIRUS (ウイルス) / 参照: UniProt: P03606
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 100

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試料調製

結晶解説: NONE
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-12 g/lvirus11
21 mM11MgCl2
350 mMsodium phosphate11

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データ収集

回折平均測定温度: 292 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-6 / 波長: 1.5418
検出器検出器: FILM / 日付: 1981年1月1日 / 詳細: BENT MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→24.73 Å / Num. obs: 503000 / % possible obs: 76 % / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.14

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
FRODO精密化
FILMEデータ削減
PURDUEDATA PROCESSING PACKAGEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.45→7.5 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.273 -
obs-485000
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→7.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1427 0 3 158 1588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d29.7
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d2.06
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: FRODO / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_deg29.7
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_deg2.06

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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