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万見
- PDB-1v9p: Crystal Structure Of Nad+-Dependent DNA Ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v9p
タイトルCrystal Structure Of Nad+-Dependent DNA Ligase
要素DNA ligase
キーワードLIGASE / Nad+-Dependent DNA Ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (NAD+) / DNA ligase (NAD+) activity / DNA replication / DNA repair / DNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA ligase-like, N-terminal NAD+-binding domain / Dna Ligase; domain 1 - #70 / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold ...DNA ligase-like, N-terminal NAD+-binding domain / Dna Ligase; domain 1 - #70 / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold / NAD-dependent DNA ligase, adenylation / NAD-dependent DNA ligase, N-terminal / NAD-dependent DNA ligase adenylation domain / NAD-dependent DNA ligase OB-fold domain / Ligase N family / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / DNA ligase/mRNA capping enzyme / Helix hairpin bin / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus filiformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lee, J.Y. / Chang, C. / Song, H.K. / Moon, J. / Yang, J.K. / Kim, H.K. / Kwon, S.K. / Suh, S.W.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of NAD(+)-dependent DNA ligase: modular architecture and functional implications.
著者: Lee, J.Y. / Chang, C. / Song, H.K. / Moon, J. / Yang, J.K. / Kim, H.K. / Kwon, S.T. / Suh, S.W.
履歴
登録2004年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
置き換え2004年3月30日ID: 1DGT
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA ligase
B: DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,4676
ポリマ－134,6422
非ポリマー8254
水4,288238
1
A: DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7343
ポリマ－67,3211
非ポリマー4132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7343
ポリマ－67,3211
非ポリマー4132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.210, 117.330, 97.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is monomer

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要素

#1: タンパク質 DNA ligase / Polydeoxyribonucleotide synthase [NAD+] / Tfi DNA ligase


分子量: 67321.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus filiformis (バクテリア) / 遺伝子: LIGA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZHI0, DNA ligase (NAD+)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.21 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 5% methoxyPEG 5000, 100mM sodium citrate(pH 5.6), 5mM calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.009
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月1日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 36124 / Num. obs: 36056 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / % possible all: 69.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→19.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 114413.93 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 3616 10 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 36056 89.4 %-
all-36124 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.9733 Å2 / ksol: 0.295533 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.16 Å20 Å29.06 Å2
2--4.21 Å20 Å2
3---4.96 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9484 0 46 238 9768
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it7.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it11.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it13.072.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 489 10.5 %
Rwork0.319 4179 -
obs--69.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4AMP.PARAMP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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