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万見
- PDB-4k1l: 4,4-Dioxo-5,6-dihydro-[1,4,3]oxathiazines, a novel class of 11 be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k1l
タイトル4,4-Dioxo-5,6-dihydro-[1,4,3]oxathiazines, a novel class of 11 beta-HSD1 inhibitors for the treatment of diabetes
要素Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1 / 11-DH / 11-beta-HSD1 / short chain dehydrogenase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cortisol dehydrogenase (NADP+) activity / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development ...cortisol dehydrogenase (NADP+) activity / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development / NADP binding / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / membrane
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Chem-SFF / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Loenze, P. / Schimanski-Breves, S. / Von der Heyden, C. / Engel, C.K.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: 1,1-Dioxo-5,6-dihydro-[4,1,2]oxathiazines, a novel class of 11-HSD1 inhibitors for the treatment of diabetes.
著者: Bohme, T. / Engel, C.K. / Farjot, G. / Gussregen, S. / Haack, T. / Tschank, G. / Ritter, K.
履歴
登録2013年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
C: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
D: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,47512
ポリマ－127,3484
非ポリマー4,1278
水11,043613
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17420 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area39260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.361, 150.941, 74.169
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1 / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1 / 11-DH / 11-beta-HSD1


分子量: 31836.875 Da / 分子数: 4 / 変異: C272S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD11B1, HSD11, HSD11L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P28845, 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-SFF / (4aS,8aR)-N-cyclohexyl-4a,5,6,7,8,8a-hexahydro-4,1,2-benzoxathiazin-3-amine 1,1-dioxide


分子量: 286.390 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H22N2O3S
#3: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 40% PEG300, 0.1M MES, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.96→75.46 Å / Num. all: 89991 / Num. obs: 89812 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 22.42 Å2
反射 シェル解像度: 1.96→2.03 Å / 冗長度: 3.78 % / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 5.18 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1XU9

1xu9


解像度: 1.96→28.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9504 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9333 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2019 4409 4.91 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.1688 89790 99.82 %-
all-89991 --
原子変位パラメータBiso mean: 24.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1648 Å20 Å2-0.0672 Å2
2---0.2983 Å20 Å2
3---0.1335 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→28.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8109 0 268 613 8990
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018673HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1211766HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3119SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes169HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1306HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8673HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.26
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1109SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11227SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.01 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2327 308 4.65 %
Rwork0.1885 6311 -
all0.1906 6619 -
obs--99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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