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万見
- PDB-1v5x: Crystal structure of Phosphoribosyl anthranilate isomerase from T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v5x
タイトルCrystal structure of Phosphoribosyl anthranilate isomerase from Thermus Thermophilus
要素Phosphoribosylanthranilate isomerase
キーワードISOMERASE / alpha-beta barrel / TrpF / phosphoribosyl anthranilate isomerase / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylanthranilate isomerase / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / L-tryptophan biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase family / N-(5'phosphoribosyl) anthranilate isomerase (PRAI) domain / N-(5'phosphoribosyl)anthranilate (PRA) isomerase / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Taka, J. / Kunishima, N. / Yutani, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 2005
タイトル: Stabilization due to dimer formation of phosphoribosyl anthranilate isomerase from Thermus thermophilus HB8: X-ray Analysis and DSC experiments.
著者: Taka, J. / Ogasahara, K. / Jeyakanthan, J. / Kunishima, N. / Kuroishi, C. / Sugahara, M. / Yokoyama, S. / Yutani, K.
履歴
登録2003年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylanthranilate isomerase
B: Phosphoribosylanthranilate isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9552
ポリマ－43,9552
非ポリマー00
水5,423301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area16210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.205, 144.205, 144.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
詳細The biological assembly is a dimer generated in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Phosphoribosylanthranilate isomerase / PRA isomerase


分子量: 21977.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P83825, phosphoribosylanthranilate isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.1
詳細: Isopropanol, Sodium Acetate, pH 5.1, microbatch, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 8 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
129.63 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH8.0
30.2 M1dropNaCl
427.5 %iso-propanol1reservoir
50.1 Msodium acetate1reservoirpH5.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35 Å / Num. all: 35156 / Num. obs: 35156 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 29.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 9.92
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3404 / Rsym value: 0.698 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 307402 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1NSJ

1nsj


解像度: 2→35 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 1749 -RANDOM
Rwork0.262 ---
all0.264 35100 --
obs0.264 35100 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3056 0 0 301 3357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.026
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 199 -
Rwork0.35 --
obs-4273 99.4 %
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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