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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v3x | ||||||
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タイトル | Factor Xa in complex with the inhibitor 1-[6-methyl-4,5,6,7-tetrahydrothiazolo(5,4-c)pyridin-2-yl] carbonyl-2-carbamoyl-4-(6-chloronaphth-2-ylsulphonyl)piperazine | ||||||
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![]() | HYDROLASE / glycoprotein / serine protease / plasma / blood coagulation factor / protein inhibitor complex / calcium-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins ...coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / phospholipid binding / Golgi lumen / blood coagulation / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Suzuki, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Synthesis and conformational analysis of a non-amidine factor Xa inhibitor that incorporates 5-methyl-4,5,6,7-tetrahydrothiazolo[5,4-c]pyridine as S4 binding element 著者: Haginoya, N. / Kobayashi, S. / Komoriya, S. / Yoshino, T. / Suzuki, M. / Shimada, T. / Watanabe, K. / Hirokawa, Y. / Furugori, T. / Nagahara, T. #1: ![]() タイトル: Structural basis for chemical inhibition of human blood coagulation factor Xa 著者: Kamata, K. / Kawamoto, H. / Honma, T. / Iwama, T. / Kim, S.H. #2: ![]() タイトル: X-ray structure of active site-inhibited clotting factor Xa. Implications for drug design and substrate recognition 著者: Brandstetter, H. / Kuhne, A. / Bode, W. / Huber, R. / von der Saal, W. / Wirthensohn, K. / Engh, R.A. #3: ![]() タイトル: Structure of human des(1-45) factor Xa at 2.2 A resolution 著者: Padmanabhan, K. / Padmanabhan, K.P. / Tulinsky, A. / Park, C.H. / Bode, W. / Huber, R. / Blankenship, D.T. / Cardin, A.D. / Kisiel, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1faxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26346.000 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 16-243 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 5589.234 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 87-138 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: proteolytic cleavage product / 由来: (天然) ![]() | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-D76 / ( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, macro-seeding, soaking / pH: 5 詳細: PEG6000, sodium acetate, Malate imidazole, Calcium chloride, pH 5.00, vapor diffusion, macro-seeding, Soaking, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月3日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.2→53.124 Å / Num. all: 15999 / Num. obs: 15999 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 35.621 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 13.6 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1332 / Rsym value: 0.259 / % possible all: 90.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT 開始モデル: 1FAX 解像度: 2.2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 5.151 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CALCULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.912 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.277 Å / Total num. of bins used: 15 /
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