[日本語] English
万見
- PDB-1v3v: Crystal structure of leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase/15-ox... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v3v
タイトルCrystal structure of leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase/15-oxo-prostaglandin 13-reductase complexed with NADP and 15-oxo-PGE2
要素leukotriene b4 12-hydroxydehydrogenase/prostaglandin 15-keto reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


2-alkenal reductase (NADPH) activity / leukotriene B4 metabolic process / 13-lipoxin reductase activity / leukotriene B4 12-hydroxy dehydrogenase activity / lipoxin A4 metabolic process / 2-alkenal reductase [NAD(P)+] / 13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase / 15-oxoprostaglandin 13-oxidase [NAD(P)+] activity / : / prostaglandin metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase/15-oxo-prostaglandin 13-reductase / Medium-chain dehydrogenase/reductase / Oxidoreductase, N-terminal domain / N-terminal domain of oxidoreductase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase/15-oxo-prostaglandin 13-reductase / Medium-chain dehydrogenase/reductase / Oxidoreductase, N-terminal domain / N-terminal domain of oxidoreductase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5OP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Prostaglandin reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Cavia porcellus (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hori, T. / Yokomizo, T. / Ago, H. / Sugahara, M. / Ueno, G. / Yamamoto, M. / Kumasaka, T. / Shimizu, T. / Miyano, M. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural basis of leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase/15-Oxo-prostaglandin 13-reductase catalytic mechanism and a possible Src homology 3 domain binding loop
著者: Hori, T. / Yokomizo, T. / Ago, H. / Sugahara, M. / Ueno, G. / Yamamoto, M. / Kumasaka, T. / Shimizu, T. / Miyano, M.
履歴
登録2003年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: leukotriene b4 12-hydroxydehydrogenase/prostaglandin 15-keto reductase
B: leukotriene b4 12-hydroxydehydrogenase/prostaglandin 15-keto reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,86412
ポリマ－72,4642
非ポリマー2,40010
水17,024945
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area26810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.553, 77.460, 79.095
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 leukotriene b4 12-hydroxydehydrogenase/prostaglandin 15-keto reductase / leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase/15-oxo-prostaglandin 13-reductase


分子量: 36231.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cavia porcellus (哺乳類) / プラスミド: pGEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9EQZ5, 13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-5OP / (5E,13E)-11-HYDROXY-9,15-DIOXOPROSTA-5,13-DIEN-1-OIC ACID / 15-OXO-PGE2


分子量: 350.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 945 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: バッチ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, MES, magnesium chloride, pH 6.5, batch, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→32.1 Å / Num. all: 173392 / Num. obs: 45828 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.262 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 4529 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→32.1 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2386 2346 RANDOM
Rwork0.1944 --
all-43456 -
obs-43456 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→32.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5081 0 122 945 6148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005518
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.42321
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2715 220 -
Rwork0.2201 --
obs-4287 92.3 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る