PDB-1v31: Solution structure of the SWIB/MDM2 domain of the hypothetical pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1v31

タイトル

Solution structure of the SWIB/MDM2 domain of the hypothetical protein At5g14170 from Arabidopsis thaliana

要素

hypothetical protein RAFL11-05-P19

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / SWI-SNF complex subunit / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of leaf development / regulation of flower development / root development / response to UV-B / chromatin organization / regulation of gene expression / DNA repair / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Yoneyama, M. / Tochio, N. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the SWIB/MDM2 domain of the hypothetical protein At5g14170 from Arabidopsis thaliana
著者: Yoneyama, M. / Tochio, N. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2003年10月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1v31.cif.gz	552.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1v31.ent.gz	462.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1v31.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/1v31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/1v31	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2pp6-d 2p9r-1 4niq-2 2e6j-d 2iim-1 1o15-d 6v1e-d 2hz8-d 1he9-d 1h0y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: atr001008326.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (4) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: hypothetical protein RAFL11-05-P19

10.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	hypothetical protein RAFL11-05-P19 / At5g14170 protein 分子量: 10106.574 Da / 分子数: 1 / 断片: SWIB/MDM2 domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: RAFL11-05-P19 / プラスミド: P030128-19 / 参照: UniProt: Q9FMT4

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1mM SWIB/MDM2 domain U-15N, 13C; 20mM phosphate buffer Na; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
NMRPipe	20020425	Delagio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Jhonson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.815	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.0.7	Guentert, P.	構造決定
CYANA	1.0.7	Guentert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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