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万見
- PDB-1v1j: Crystal structure of type II Dehydroquintae Dehydratase from Stre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v1j
タイトルCrystal structure of type II Dehydroquintae Dehydratase from Streptomyces coelicolor in complex with 3-fluoro
要素3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
キーワードLYASE / DHQ / SHIKIMATE / DEHYDROQUINASE / AROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-ANHYDRO-3-FLUORO-QUINIC ACID / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Roszak, A.W. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J.
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2004
タイトル: (1R,4S,5R)-3-Fluoro-1,4,5-Trihydroxy-2-Cyclohexene-1-Carboxylic Acid: The Fluoro Analogue of the Enolate Intermediate in the Reaction Catalyzed by Type II Dehydroquinases
著者: Frederickson, M. / Roszak, A.W. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J. / Abell, C.
履歴
登録2004年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
B: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
C: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
D: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
E: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
F: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
G: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
H: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
I: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
J: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
K: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
L: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,20428
ポリマ－200,41012
非ポリマー2,79416
水12,611700
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)116.475, 138.941, 141.925
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.00045, 0.40446, -0.91456), (-0.91487, -0.36909, -0.16368), (-0.40376, 0.83677, 0.36986)51.89528, 82.1555, 7.52426
2given(-0.00049, -0.91224, -0.40967), (0.40708, -0.37437, 0.83315), (-0.91339, -0.16636, 0.37153)78.43419, 3.41615, 58.11004
3given(-0.99998, -0.00158, -0.0054), (-0.00506, 0.67159, 0.74091), (0.00245, 0.74092, -0.67159)62.43271, -16.7569, 38.04821
4given(0.00331, -0.40249, 0.91542), (-0.91371, 0.37077, 0.16632), (-0.40635, -0.83698, -0.36653)9.98314, 43.82185, 93.83305
5given(-0.00316, 0.91409, 0.4055), (-0.40276, -0.37232, 0.83616), (0.9153, -0.16068, 0.36934)-16.11196, 28.32615, 1.31071
6given(-0.0034, -0.40592, 0.9139), (0.91439, -0.37123, -0.16148), (0.40481, 0.83511, 0.37244)10.32446, 25.43354, -17.56244
7given(0.00329, 0.91282, 0.40834), (0.40332, 0.37245, -0.83583), (-0.91505, 0.16744, -0.36694)-16.36827, 41.22469, 74.78658
8given(-0.99999, 0.00385, -0.00119), (-0.0017, -0.67058, -0.74184), (-0.00366, -0.74183, 0.67058)61.97967, 86.44312, 38.55089
9given(-0.00334, -0.91443, -0.40473), (-0.40617, 0.37109, -0.83506), (0.91379, 0.1616, -0.37265)78.41739, 66.3082, 18.52069
10given(0.99999, 0.00164, 0.00488), (0.00165, -1, -0.0015), (0.00487, 0.00151, -0.99999)-0.21171, 69.54708, 76.21187
11given(-0.00288, 0.40691, -0.91346), (0.91528, 0.36902, 0.1615), (0.4028, -0.83561, -0.3735)51.92285, -12.54626, 69.01919

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要素

#1: タンパク質
3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE / 3-DEHYDROQUINASE / TYPE II DHQASE


分子量: 16700.801 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
プラスミド: PTB361 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P15474, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-FA3 / 2-ANHYDRO-3-FLUORO-QUINIC ACID / (1R,4S,5R)-1,4,5-トリヒドロキシ-3-フルオロ-2-シクロヘキセン-1-カルボン酸


分子量: 192.142 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9FO5
#3: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: PEG 8000, NA/K PHOSPHATE, TRIS BUFFER, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 113346 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 25.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 6.97
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GUO

1guo


解像度: 2.2→20 Å / SU B: 9.91074 / SU ML: 0.24061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.34862 / ESU R Free: 0.22984
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23811 10066 12 %RANDOM
Rwork0.2151 ---
obs0.21745 89858 85.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.126 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.82 Å20 Å20 Å2
2---1.15 Å20 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13488 0 188 700 14376

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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