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- PDB-1v1f: Structure of the Arabidopsis thaliana SOS3 complexed with Calcium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v1f
タイトルStructure of the Arabidopsis thaliana SOS3 complexed with Calcium(II) and Manganese(II) ions
要素CALCINEURIN B-LIKE PROTEIN 4
キーワードSIGNALLING PROTEIN / SALT STRESS RESPONSE IN PLANTS / CALCINEURIN B-LIKE PROTEIN / PROTEIN CRYSTALLOGRAPHY / CALCIUM SENSOR / EF-HAND
機能・相同性
機能・相同性情報


hypotonic salinity response / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / calcineurin complex / intracellular potassium ion homeostasis / detection of calcium ion / calcium-mediated signaling / kinase binding / calcium ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calcineurin B-like / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / : / Calcineurin B-like protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3 Å
データ登録者Sanchez-Barrena, M.J. / Martinez-Ripoll, M. / Zhu, J.K. / Albert, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The Structure of the Arabidopsis Thaliana SOS3: Molecular Mechanism of Sensing Calcium for Salt Stress Response
著者: Sanchez-Barrena, M.J. / Martinez-Ripoll, M. / Zhu, J.K. / Albert, A.
履歴
登録2004年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Experimental preparation / Other / カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALCINEURIN B-LIKE PROTEIN 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,02814
ポリマ－25,7281
非ポリマー1,30013
水72140
1
A: CALCINEURIN B-LIKE PROTEIN 4
ヘテロ分子

A: CALCINEURIN B-LIKE PROTEIN 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,05728
ポリマ－51,4572
非ポリマー2,60026
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_665-x+1,-y+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.900, 91.900, 85.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
詳細THE QUATERNARY STRUCTURE DESCRIPTION FOR THIS ENTRYWAS PROVIDED BY THE DEPOSITORS

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CALCINEURIN B-LIKE PROTEIN 4 / SALT OVERLY SENSITIVE 3 (SOS3)


分子量: 25728.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
プラスミド: PET14B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O81223

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非ポリマー , 5種, 53分子

#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.7 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.8
詳細: PRIOR TO CRYSTALLIZATION THE PROTEIN WAS PREINCUBATED WITH 3.8 MM CACL2 PLUS 3.8 MM MNCL2 TO REACH A FINAL PROTEIN CONCENTRATION OF 10 MG/ML AND A PROTEIN:METAL ION RATIO 1:10:10. ...詳細: PRIOR TO CRYSTALLIZATION THE PROTEIN WAS PREINCUBATED WITH 3.8 MM CACL2 PLUS 3.8 MM MNCL2 TO REACH A FINAL PROTEIN CONCENTRATION OF 10 MG/ML AND A PROTEIN:METAL ION RATIO 1:10:10. CRYSTALLIZATION EXPERIMENTS WERE CARRIED OUT AT ROOM TEMPERATURE. CRYSTALS WERE GROWN USING VAPOUR DIFFUSION TECHNIQUES FROM DROPS CONTAINING SOS3-CA-MN, RESERVOIR SOLUTIONS (24%(W/V) METHYL-PENTANEDIOL, 16%(W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 4000 AND 0.1 NA-CITRATE PH 4.8) AND NAI 1M IN A RATIO 2:1:0.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.92
検出器日付: 2003年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→46 Å / Num. obs: 7041 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: SOS3 CA(II) COMPLEX, PDB ENTRY 1V1G

1v1g


解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 15.975 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.371 / ESU R Free: 0.4 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES FROM A1 - A14 AND FROM A203 - A222 ARE NOT INCLUDED IN THE MODEL. THE LOOP FROM A67 - A75 DISPLAYS POOR ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 367 5.3 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.238 6609 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å20 Å20 Å2
2---0.97 Å20 Å2
3---1.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1547 0 27 40 1614
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221593
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9261.9762149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2625187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2610.2804
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2210.264
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3770.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2410.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8721.5940
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.71921528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3213653
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1424.5621
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.398 22
Rwork0.329 454

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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